[发明专利]一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法

权利要求书

1.一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记，其特征在于，所述的InDel标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第103位与104位碱基间插入或缺失序列TC。

2.一种权利要求1所述的与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记的检测引物组，其特征在于，包括以下引物：

SNP441F1：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGTAACGCAGGTTGACTGATTT-3’；

SNP441F2：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGTAACGCAGGTTGACTGATTA-3’；

SNP441R：5’-TAACTGTCATCCCCCTTAATTAATC-3’。

3.权利要求1所述的InDel标记或权利要求2所述的检测引物组在马氏珠母贝分子标记辅助育种中的应用。

4.一种检测马氏珠母贝具有生长优势的个体的方法，其特征在于，包括以下步骤：通过对待测马氏珠母贝中的权利要求1所述的与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记进行基因型分型，若待测马氏珠母贝的基因型为缺失型，则待测马氏珠母贝为可能具有生长优势的个体，确定其作为后备亲本进行育种。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，具体步骤如下：提取待测马氏珠母贝的基因组DNA作为模板，采用权利要求2所述的检测引物组进行等位基因特异的定量PCR，对PCR扩增产物进行荧光信号扫描，采用Kluster Caller软件对扫描数据进行分析，若荧光信号在所得分型聚类图中呈现蓝色，则待测马氏珠母贝在权利要求1所述的InDel标记的基因型为缺失型，则待测马氏珠母贝为可能具有生长优势的个体，确定其作为后备亲本进行育种；所述的定量PCR的体系中含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A、淬灭探针B，所述的荧光探针A的序列为5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’，5’ 末端连接荧光基团FAM，发蓝色荧光；所述的荧光探针B的序列为5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’，5’ 末端连接荧光基团HEX，发红色荧光；所述的淬灭探针A的序列为5’-AGCATGAACTTGGTCACCTTC-3’，3’末端连接淬灭基团BHQ；所述的淬灭探针B的序列为5’-AATCCGTTGACTCCGACCTTC-3’，3’末端连接淬灭基团BHQ。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述的等位基因特异的定量PCR，其PCR反应体系包括：马氏珠母贝基因组DNA 40 ng，KASP V4.0 2×Master Mix 2 μL，引物预混液0.056 μL，用ddH₂O补至4 μL；所述的引物预混液是将权利要求2所述的引物SNP441F1、SNP441F2和SNP441R稀释至100 μM，分别得到SNP441F1稀释液、SNP441F2稀释液和SNP441R稀释液，然后将SNP441F1稀释液、SNP441F2稀释液、SNP441R稀释液与ddH₂O按体积比12:12:30:46混合而成。

7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述的等位基因特异的定量PCR，其PCR反应程序为：94℃预变性15 min；94℃变性20 s，61℃-55℃复性45 s，共10个循环，每个循环降0.6℃；94℃变性20 s，55℃复性45 s，共37个循环。

8.一种用于检测权利要求1所述的与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述的与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记的检测引物组。