[发明专利]一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法

说明书

本发明公开了一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法。所述的InDel标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第103与104位碱基间插入或缺失序列TNNN，其中，NNN表示为未知碱基和碱基数量。利用本发明的开发方法创造性地从差异表达基因中来筛选InDel，并与性状进行关联，开发了一个与性状关联的分子标记SNP441。利用该分子标记SNP441设计的检测引物组，能够对待测马氏珠母贝的分子标记SNP441进行基因型分型，筛选出生长优势个体用作后备亲本进行育种，实现分子标记辅助育种。

技术领域：

本发明属于水产动物遗传及分子标记辅助育种技术领域，具体涉及一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法。

背景技术：

马氏珠母贝是我国及世界上海水珍珠养殖的主要物种。我国自1965年成功地开展了马氏珠母贝人工育苗以来，海水珍珠产业发展迅速，已成为广东、广西及海南部分沿海地区海水养殖支柱产业之一。近10多年，我国海水珍珠的质量和产量明显下降，国际竞争力减弱，养殖经济效益下滑。究其原因，除了养殖环境恶化、养殖技术落后外，还有一个重要原因是：多年来不注重种贝的选育和保留，缺乏优良品种；种苗质量参差不齐，育珠母贝性状退化，如生长慢、个体小型、育珠能力减弱等。为了我国海水珍珠养殖业的健康稳定发展，通过育种技术培育适合我国海区养殖的马氏珠母贝优良品种已迫在眉睫。

育种技术有杂交、选择育种，生物技术育种及分子育种等多种方法。分子育种是目前国内外研究的热点，是育种技术发展的主要方向，它具有高效、快捷的特点。分子育种离不开分子标记的开发，用在海洋贝类遗传育种研究的分子标记主要有限制片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、锚定简单重复序列(ISSR)、简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)、表达序列标签(EST)、线粒体DNA(mtDNA)、核糖体DNA内转录间隔区标记(ITS)分子标记等。SNP标记由于其多态高，便于高通量检测的特点，已成为目前最主要的标记。在分子育种中，科学家最希望的是找到与某性状显著关联的标记，然后利用该标记挑选理想的亲本构建遗传群体，从而培育出目标品种。对于关联分子标记的开发，主要包括通过构建高密度遗传图谱和QTL定位，筛选出与性状关联的DNA标记或基因；另一种研究的较多的方式是候选基因法，即对某一基因进行SNP发掘，然后进行关联分析，其缺陷是无法对大量的基因进行SNP开发，而且这些研究基本上是开发基因组DNA中的标记。其他还有极端混池法、全基因组关联分析等多种方法。总体上，不管应用哪种方法，目前在水产动物中开发的单一关联标记都比较少。因此，为了发展分子育种实践，需开发更多的可用的性状关联分子标记。

另外，还有大量的研究通过转录组测序，筛选差异表达基因，根据基因表达量来解析性状形成的分子遗传基础，但还没有发现充分利用差异基因中存在的SNP或InDel并与性状进行关联分析的报道。

发明内容：

本发明的目的是提供一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法。

本发明的第一个目的是提供一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记，所述的InDel标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第103位与104位碱基间插入或缺失序列TNNN，其中，NNN表示为未知碱基和碱基数量。

InDel标记缺失序列时如下所示：

AGTTCTAATGTTTGTATAAACAAACCAATTAACGTACCAAACAATAGTGAAAGCGCATGGTAAACAAACAATTATAGGTAACGGTAACGCAGGTTGACTGATTAACGTTGTTTGATCGACCGTGACATCGAGATTAATTAAGGGGGATGACAGTTAATTAGATAATATCATTACGGAAACAATGATATGTGCATGTTTCAT(如SEQ ID NO.1所示)。

InDel标记插入序列时如下所示：