[发明专利]可用于鉴别瘤牛和普通牛血统的基因组序列及其应用方法

说明书

本发明公开了可用于鉴别瘤牛和普通牛血统的基因组序列如SEQ ID NO.1和2所示，可用于鉴别瘤牛和普通牛以及有助于后期牛品种纯繁、改良和保种工作实施，瘤牛缺失SEQ ID NO.1基因组序列，普通牛正常；本发明还公开了鉴别瘤牛和普通牛的分子生物学方法，包括：1)从待鉴定牛的组织中分离提取DNA；2)用正向引物(SEQ ID NO.3)和反向引物(SEQ ID NO.4)进行PCR扩增；3)取扩增出的产物在1.5％琼脂糖凝胶中电泳；4)观察电泳结果，如果条带扩增如SEQ ID NO.2即可判断待鉴定牛为普通牛，否则为瘤牛。本发明基因组序列可以作为鉴定现有牛品种血统的有效靶点，用于鉴别瘤牛和普通牛，为牛品种的血统来源解析及杂交改良提供必要资源和方法，鉴别方法简便、准确、有效。

技术领域

本发明涉及物种鉴定和分子生物学领域，特别涉及可用于鉴别瘤牛和普通牛血统的基因组序列及其应用方法。

背景技术

普通牛(Bos Taurus)和瘤牛(Bos Indicus)是牛主要的两个亚种，在世界现有牛存栏量中占据了90％以上，是世界牛奶和牛肉等重要的畜产品的主要来源，在世界养牛产业中起到主导地位。普通牛和瘤牛在地理起源及养殖分布方面均存在明显差异。普通牛多起源于欧洲，瘤牛则起源于印度等亚洲国家，也有研究报道非洲也是普通牛和瘤牛的起源地。在地理分布方面，普通牛多生活在温度相对较低的北方区域，瘤牛则因其具有较强的耐热和抗病等优良的特性，大部分分布在靠近赤道的炎热气候区域。在外部形态方面，瘤牛相对普通牛具有更为明显的肩峰和垂皮。但由于人类的迁徙及牛品种之间的杂交和改良，出现了大量同时拥有普通牛和瘤牛血统的牛品种，这种现象在我国尤为明显。

牛种的保护、纯繁和杂交选育都需要清楚它们的遗传背景，特别是杂交个体很难通过外貌体型判别其血统来源。现有技术对牛属各家牛的鉴别主要是采用外貌鉴定和聚类分析，前者是经验性的，不能确证，后者则需要专业的遗传多样性检测方法和复杂的聚类分析方法，并且成本高，周期长。

明确牛品种的血统组成是选择合适牛品种进行杂交改良、提高经济性能的前提条件。我国地方牛品种至少有53个，但普通牛和瘤牛的血统组成目前还不清楚，并且多元化的品种间杂交模式已在各地形成。前期对普通牛和瘤牛的研究多集中在解析其起源进化的关系以及对影响经济性状的变异位点挖掘等工作，对建立可以鉴定普通牛和瘤牛的血统的方法很少报道。利用两个牛亚种基因组序列的差异，可以构建特定的PCR鉴别体系。在基因组中存在多种遗传变异，包括单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)、插入缺失(Insert and deletion，Indel)、微卫星、拷贝数变异(copy number variation，CNV)等。CNV是在群体基因组上长度为50bp-5Mbp的大片段变异，在基因组上分布广泛，其相对其它基因组变异类型对表型的调控效应更为剧烈，在品种间更为保守；并且由于其为大片段的变异，在一定程度上代表了不同牛亚种或品种间的差异基因组序列。CNV对结果的判断更为准确，假阳性出现率更低，扩增更方便，可以较为稳定地作为鉴定牛品种或血统的靶标。