[发明专利]与油茶种仁含油率相关的3个SNP分子标记及其应用有效

专利信息
申请号: 202010479322.4 申请日: 2020-05-29
公开(公告)号: CN111534632B 公开(公告)日: 2023-03-21
发明(设计)人: 林萍;王开良;任华东 申请(专利权)人: 中国林业科学研究院亚热带林业研究所
主分类号: C12Q1/6895 分类号: C12Q1/6895;C12N15/11
代理公司: 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 代理人: 陈征
地址: 311400 浙*** 国省代码: 浙江;33
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摘要:
搜索关键词: 油茶 种仁 含油率 相关 snp 分子 标记 及其 应用
【权利要求书】:

1.与油茶种仁含油率相关的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记选自PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175中的任一个;

其中,SNP分子标记PB.103793.1-1118如SEQ ID NO.3所示,其中第1118位的多态性为A/G;SNP分子标记PB.103793.1-1172如SEQ ID NO.3所示,其中第1172位的多态性为G/A;SNP分子标记PB.103793.1-1175如SEQ ID NO.3所示,其中第1175位的多态性为A/C。

2.根据权利要求1所述的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记PB.103793.1-1118中,具有所述多态性的位点的基因型为A/A,对应于高含油率;基因型为A/G,对应于候选高含油率;基因型为G/G,对应于低含油率;

所述SNP分子标记PB.103793.1-1172中,具有所述多态性的位点的基因型为G/G,对应于高含油率;基因型为A/G,对应于候选高含油率;基因型为A/A,对应于低含油率;

所述SNP分子标记PB.103793.1-1175中,具有所述多态性的位点的基因型为A/A,对应于为高含油率;基因型为A/C,对应于候选高含油率,基因型为C/C,对应于低含油率。

3.与油茶种仁含油率相关的SNP分子标记组合,其特征在于,所述SNP分子标记组合选自PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175中的至少两个;

其中,SNP分子标记PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175同权利要求1或2中所述。

4.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合的引物。

5.根据权利要求4所述的引物,其特征在于,包括如SEQ ID NO.1-2所示的引物。

6.含有权利要求4或5所述的引物的试剂或试剂盒。

7.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合或权利要求4或5所述的引物或权利要求6所述的试剂或试剂盒的以下任一应用:

(1)在鉴定油茶种仁含油率表型中的应用;

(2)在油茶种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用,所述油茶种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种的性状为油茶种仁含油率;

(3)在油茶种仁含油率的早期预测中的应用;

(4)在筛选高含油率油茶中的应用。

8.鉴定油茶种仁含油率表型的方法,其特征在于,包括:

(1)提取待鉴定油茶的总RNA,反转录合成cDNA;

(2)以cDNA为模板,利用权利要求4或5所述的引物进行PCR扩增;

(3)分析PCR扩增产物中权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合的基因型,根据所述基因型判断待鉴定油茶的种仁含油率表型。

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,步骤(2)中,所述PCR扩增的反应程序为:94~95℃,3~5min;94~95℃,15~30s,65~69℃,40~60s,38~45个循环;67~70℃,3~6min。

10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,步骤(3)中所述判断待鉴定油茶的种仁含油率表型的方法为:

若SNP分子标记PB.103793.1-1118具有所述多态性的位点的基因型为A/A,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/G,则待鉴定油茶为候选高含油率;若基因型为G/G,则待鉴定油茶为低含油率;和/或,

若SNP分子标记PB.103793.1-1172具有所述多态性的位点的基因型为G/G,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/G,则待鉴定油茶为候选高含油率;若基因型为A/A,则待鉴定油茶为低含油率;和/或,

若SNP分子标记PB.103793.1-1175具有所述多态性的位点的基因型为A/A,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/C,则待鉴定油茶为候选高含油率,若基因型为C/C,则待鉴定油茶为低含油率。

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