[发明专利]与油茶种仁含油率相关的3个SNP分子标记及其应用有效
申请号: | 202010479322.4 | 申请日: | 2020-05-29 |
公开(公告)号: | CN111534632B | 公开(公告)日: | 2023-03-21 |
发明(设计)人: | 林萍;王开良;任华东 | 申请(专利权)人: | 中国林业科学研究院亚热带林业研究所 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12N15/11 |
代理公司: | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人: | 陈征 |
地址: | 311400 浙*** | 国省代码: | 浙江;33 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 油茶 种仁 含油率 相关 snp 分子 标记 及其 应用 | ||
1.与油茶种仁含油率相关的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记选自PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175中的任一个;
其中,SNP分子标记PB.103793.1-1118如SEQ ID NO.3所示,其中第1118位的多态性为A/G;SNP分子标记PB.103793.1-1172如SEQ ID NO.3所示,其中第1172位的多态性为G/A;SNP分子标记PB.103793.1-1175如SEQ ID NO.3所示,其中第1175位的多态性为A/C。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记,其特征在于,所述SNP分子标记PB.103793.1-1118中,具有所述多态性的位点的基因型为A/A,对应于高含油率;基因型为A/G,对应于候选高含油率;基因型为G/G,对应于低含油率;
所述SNP分子标记PB.103793.1-1172中,具有所述多态性的位点的基因型为G/G,对应于高含油率;基因型为A/G,对应于候选高含油率;基因型为A/A,对应于低含油率;
所述SNP分子标记PB.103793.1-1175中,具有所述多态性的位点的基因型为A/A,对应于为高含油率;基因型为A/C,对应于候选高含油率,基因型为C/C,对应于低含油率。
3.与油茶种仁含油率相关的SNP分子标记组合,其特征在于,所述SNP分子标记组合选自PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175中的至少两个;
其中,SNP分子标记PB.103793.1-1118、PB.103793.1-1172和PB.103793.1-1175同权利要求1或2中所述。
4.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合的引物。
5.根据权利要求4所述的引物,其特征在于,包括如SEQ ID NO.1-2所示的引物。
6.含有权利要求4或5所述的引物的试剂或试剂盒。
7.权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合或权利要求4或5所述的引物或权利要求6所述的试剂或试剂盒的以下任一应用:
(1)在鉴定油茶种仁含油率表型中的应用;
(2)在油茶种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种中的应用,所述油茶种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种的性状为油茶种仁含油率;
(3)在油茶种仁含油率的早期预测中的应用;
(4)在筛选高含油率油茶中的应用。
8.鉴定油茶种仁含油率表型的方法,其特征在于,包括:
(1)提取待鉴定油茶的总RNA,反转录合成cDNA;
(2)以cDNA为模板,利用权利要求4或5所述的引物进行PCR扩增;
(3)分析PCR扩增产物中权利要求1或2所述的SNP分子标记或权利要求3所述的SNP分子标记组合的基因型,根据所述基因型判断待鉴定油茶的种仁含油率表型。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,步骤(2)中,所述PCR扩增的反应程序为:94~95℃,3~5min;94~95℃,15~30s,65~69℃,40~60s,38~45个循环;67~70℃,3~6min。
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,步骤(3)中所述判断待鉴定油茶的种仁含油率表型的方法为:
若SNP分子标记PB.103793.1-1118具有所述多态性的位点的基因型为A/A,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/G,则待鉴定油茶为候选高含油率;若基因型为G/G,则待鉴定油茶为低含油率;和/或,
若SNP分子标记PB.103793.1-1172具有所述多态性的位点的基因型为G/G,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/G,则待鉴定油茶为候选高含油率;若基因型为A/A,则待鉴定油茶为低含油率;和/或,
若SNP分子标记PB.103793.1-1175具有所述多态性的位点的基因型为A/A,则待鉴定油茶为高含油率;若基因型为A/C,则待鉴定油茶为候选高含油率,若基因型为C/C,则待鉴定油茶为低含油率。
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