[发明专利]一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法及系统

权利要求书

1.一种多重甲基化特异性PCR引物设计方法，其特征在于，包括如下步骤：

S000、对参数局进行设置，生成引物设计环境；

S100、对目标甲基化位点进行引物设计，并对设计后引物进行筛选；

S200、对筛选出的引物对两两进行配对，检查两两引物对之间兼容性，选择数量最大的可兼容的多重引物组合；

S300、对设计完成的多重引物组合进行评价，并决定是否需要重新设计引物；

所述步骤S200包括如下步骤：

S201、对通过步骤S100筛选出的合格引物及其在参考序列中的潜在结合位点进行计算，评估每对引物的特异性，筛选出最高特异性引物对，并将除该引物对相应位点外的其他位点的所有引物归于第一其他引物集合列表并传递给步骤S202；

S202、将从步骤S201获取的第一其他引物集合列表中的引物逐一与步骤S201生成的最高特异性引物对间进行Dimer评估，筛选出无Dimer结构的引物对，得到第二其他引物集合列表并传递给步骤S203；

S203、将从步骤S202获取的第二其他引物集合列表中的引物逐一与步骤S201生成的最高特异性引物对间进行非特异性评估，筛选出与最高特异性引物对在参考序列中无非特异性扩增的引物对，得到第三其他引物集合列表并传递给步骤S204；

S204、如果第三其他引物集合列表中引物对对应位点数大于1，则继续将第三其他引物集合列表发送至步骤S201进行循环操作；如果第三其他引物集合列表中引物对对应位点数等于1，则将第三其他引物集合列表发送至步骤S201进行最高特异性引物对筛选，并将所有循环的最高特异性引物对整合成能够兼容的多重引物对组合，发送至步骤S300；如果第三其他引物集合列表引物对对应位点数等于0，则直接将所有循环的最高特异性引物对整合成能够兼容的多重引物对组合，发送至所述步骤S300。

2.如权利要求1所述的多重甲基化特异性PCR引物设计方法，其特征在于，所述步骤S000包括如下步骤：

S001、获取目标位点信息，并创建目标位点；

S002、获取并建立引物需求参数信息，将引物需求参数信息绑定到目标位点中；

S003、获取参考序列，并将参考序列进行CT转换后绑定到目标位点上；

S004、获取用户定义的屏蔽位点；

S005、获取用户定义的屏蔽区域；

S006、根据所述步骤S001-S005所获取的参数内容，生成引物设计环境，包括位点序列、局部环境参数以及全局环境参数，并将各环境参数传递至所述步骤S100。

3.如权利要求1所述的多重甲基化特异性PCR引物设计方法，其特征在于，所述步骤S100包括如下步骤：

S101、从所述步骤S000中获取引物设计环境，设计生成相应引物；

S102、将从步骤S101获取的引物进行是否含有CG位点以及末端C位点的检查，并将不合格引物删除；

S103、对存在Dimer结构的引物进行筛选；

S104、对存在Hairpin结构的引物进行筛选；

S105、对末端位于用户定义的屏蔽位点的引物进行筛选；

S106、对末端位于用户定义的屏蔽区域的引物进行筛选；

S107、对引物内部可能在参考序列中扩增出多个非特异性区域的引物进行筛选，并将合格引物以及单条引物在参考序列中的潜在结合位点信息传递至所述步骤S200。

4.如权利要求1所述的多重甲基化特异性PCR引物设计方法，其特征在于：所述步骤S300中，对所述步骤S200传递的可兼容的多重引物组合进行评价，如果引物对数目过少或未包含必要位点，则对位点、引物参数进行修改，然后传递至步骤S000重新设计；如果多重引物组合符合要求，但尚有部分目标位点未包含在内，则将未包含的目标位点重新输入步骤S000，对这些位点重新设计引物，形成新的一套多重引物组合。

5.一种计算机设备，其特征在于：所述计算机设备被编程以执行权利要求1-4任一所述的多重甲基化特异性PCR引物设计方法的步骤；或者所述计算机设备的存储介质中存储有被编程以执行权利要求1-4任一所述多重甲基化特异性PCR引物设计方法的计算机程序。