[发明专利]环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的PCR扩增引物及其检测方法和应用

说明书

本发明提供了一种环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的PCR扩增引物及其检测方法和应用，PCR扩增引物中上游引物OMBA‑F序列为：5’‑CGAAGGTTAATCTGTCTCCATCT‑3’，下游引物OMBA‑R序列为：5’‑CCCAATTAAAATTTATATACCACCACCT‑3’，用于检测柔鱼物种的DNA分子标记位于柔鱼16S基因，将环境DNA检测结果与DNA分子标记位点序列进行比对，100％匹配即为柔鱼物种；本发明的检测方法仅从水体中采集水样实现对柔鱼物种的检测，且通过DNA序列比对，这样的检测方法对生态系统造成的破坏性小，获得的结果具有准确性高的特点。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的PCR扩增引物及其检测方法和应用。

背景技术

柔鱼(Ommastrephesbartrami)属头足类，生命周期为1年。其群体广泛分布于北太平洋海域，是世界上重要的大洋性经济鱼种之一。柔鱼主要分为秋生和冬春生两个繁殖群体，而冬春生西部群体是我国主要捕捞对象。目前对柔鱼的检测主要依赖传统捕捞的方式，然而捕捞作业耗时费力，同时对整个生态系统造成严重破坏。在多细胞生物中，例如水生生物的代谢废物、受损组织或脱落的皮肤组织等会残留在水环境中，这些组织里存在该物种的DNA信息(被定义环境DNA，eDNA)。2008年通过环境DNA技术，首次从水环境中成功检测到水生脊椎动物物种(入侵的美洲牛蛙)。随后，该技术被逐渐应用于探测入侵物种、珍稀或濒危物种、和水生生物的生态调查。

从生物体上脱落而来的环境DNA受环境因素和时间的推移被分解成短片断存在于环境中。因此为了更有效的检测单一鱼种，需使用短片段的物种特异性(约200bp)。同时在短片段区域内找到区分将其近缘物种的稳定突变位点，才能作为环境DNA物种检测的分子标记位点。由于柔鱼(Ommastrephes bartrami)与太平洋褶柔鱼(Todarodes pacificus)和枪乌贼(Heterololigo bleekeri)同分布于北太平洋海域，通过设计能够区分太平洋褶柔鱼和枪乌贼的分子标记位点和引物来实现今后对柔鱼的生态调查。

发明内容

针对现有技术中的不足，本发明的首要目的是提供一种适用于环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的PCR扩增引物。

本发明的第二个目的是提供一种PCR扩增引物在进行环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种中的应用。

本发明的第三个目的是提供一种PCR扩增引物用于环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的检测方法。

为达到上述首要目的，本发明的解决方案是：

一种适用于环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种的PCR扩增引物，上游引物OMBA-F序列为：5’-CGAAGGTTAATCTGTCTCCATCT-3’，下游引物OMBA-R序列为：5’-CCCAATTAAAATTTATATACCACCACCT-3’。

为达到上述第二个目的，本发明的解决方案是：

PCR扩增引物在进行环境DNA检测鉴定北太平洋海域柔鱼物种中的应用：

用于检测柔鱼物种的DNA分子标记位点于柔鱼16S基因，DNA扩增片段长度为155bp，DNA序列为5’-CGAAGGTTAATCTGTCTCCATCTTATTTTTTAGAAGTTAATTTTTAAAGTGAAAAAGCTTAAATCTTTCAAAGGGACGAGAAGACCCTAATGAGCTTATAATTTTATTATCATTATTTAAAACATTTAGGTGGTGGTATATAAATTTTAATTGGG-3’(如SEQ ID NO.1所示)，将环境DNA检测结果与DNA分子标记位点序列进行比对，100％匹配即为柔鱼物种。

为达到上述第三个目的，本发明的解决方案是：