[发明专利]一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒在审
申请号: | 202010515814.4 | 申请日: | 2020-06-09 |
公开(公告)号: | CN111926058A | 公开(公告)日: | 2020-11-13 |
发明(设计)人: | 方小云 | 申请(专利权)人: | 俊兮生物科技(上海)有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 201601 上*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 化学 酶切法 构建 dna 二代 序文 试剂盒 | ||
1.一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒,其特征在于:所述试剂盒自带的模块包括酶切试剂、加A尾、加接头、PCR扩增、杂交试剂、捕获试剂和PCR富集;自行采购的商业试剂有:纯化磁珠-贝克曼;链霉亲和素磁珠-thermo;RNA探针-安捷伦和乙醇-分析纯。
2.根据权利要求1所述的一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒,其特征在于:所述试剂盒的使用方法,具体步骤为:
S1:进行化学酶切DNA 末端修复DNA;根据FFPE提取DNA的质量进行分级,根据不同质量的DNA匹配相应的酶切时间,活动反应液A;
S2:进行加A尾反应,取用40ul反应液A、8ul加A尾缓冲液和2ul加A尾酶混合后进行吹打混匀,在65℃反应30分钟后降至4℃保持,获得反应液B;
S3:进行加接头反应,取用60ul反应液B、25ul加接头缓冲液、5ul加接头酶、5ul接头和5ul水混合后进行吹打混匀,在20℃下反应15分钟后降至4℃保温,活动反应液C;
S4:进行第一步纯化反应,获得反应液D;
S5:进行文库扩增反应,取用15ul反应液D、25ul扩增混合液和10ul通用引物混合后进行吹打混匀,在95℃下反应5分钟后降至10℃保温,获得反应液E;
S6:进行第二步纯化反应,获得反应液F;
S7:进行杂交反应,获得反应液G;
S8:进行捕获反应,获得反应液H;
S9:进行PCR富集反应,取用20ul反应液H、25ul扩增混合液、2.5ul的Index 5X和2.5ul的Index 7X混合后进行吹打混匀,在95℃下反应45秒后降至10℃保温,获得反应液J;
S10:进行第三步纯化反应,获得反应液K;
S11:进行质控品数据分析。
3.根据权利要求2所述的一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒,其特征在于:所述不同质量的DNA包括条带完整性好,无明显降解情况的优质DNA、条带完整性中,降解一般/抹带情况的良好DNA和条带完整性差,降解较重/集中在小片段情况的警戒DNA,优质DNA的酶切时间为25-30分钟,良好DNA的酶切时间为15-20分钟,警戒DNA的酶切时间为5-10分钟。
4.根据权利要求2所述的一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒,其特征在于:所述S4进行第一步纯化反应,获得反应液D的具体步骤为:
S41:纯化磁珠提前在室温孵育30 min,使用之前vortex混匀;
S42:取80 ul纯化磁珠(样本:磁珠=1:0.8)加入至加接头的溶液中,vortex 30s,室温孵育10min;
S43:配置新鲜的75%乙醇;
S44:孵育后的混合液放置磁力架上,待上清液澄清后,将上清液倒出;
S45:加300 ul 75%乙醇,停留1 min,弃去,重复两次;
S46:离心,弃去残液,待磁珠干燥;
S47:加水18 ul洗脱磁珠上的DNA,室温孵育5 min,放置磁力架上,回收,继续下步操作。
5.根据权利要求2所述的一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒,其特征在于:所述S6进行第二步纯化反应,获得反应液F的具体步骤为:
S61:纯化磁珠提前在室温孵育30 min,使用之前vortex混匀;
S62:取50 ul纯化磁珠(样本:磁珠=1:1)加入至扩增文库的溶液中,vortex 30 s,室温孵育10 min;
S63:配置新鲜的75%乙醇;
S64:孵育后的混合液放置磁力架上,待上清澄清后,弃去;
S65:加300 ul 75%乙醇,停留1 min,弃去,重复两次;
S66:离心,弃去残液,待磁珠干燥;
S67:加18 ul水洗脱磁珠上的DNA,室温孵育5 min,放置磁力架上,回收,用于杂交反应。
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