[发明专利]西瓜叶片后绿基因连锁位点及CAPS标记

说明书

本发明公开了西瓜叶片后绿基因连锁位点，其为与西瓜叶片后绿性状紧密连锁的SNP位点，在西瓜基因组3号染色体17896014bp位置，碱基变化为T→C，所述西瓜叶片后绿基因连锁位点由引物对dg‑F、dg‑R进行PCR扩增确定。本发明采用叶片后绿和叶片正常绿西瓜植株配制F2群体，通过BSA‑seq对西瓜叶片后绿基因进行初步定位，之后将与西瓜叶片后绿性状连锁的候选SNP位点结合分离群体验证分析及自然群体验证分析，获取与目的性状紧密连锁的CAPS标记。本发明可应用于西瓜品种改良分子辅助育种，为西瓜分子育种提供技术支持，同时大大缩短了传统基因定位的时间。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及性状连锁SNP位点的确定，以及基于该SNP位点的CAPS标记设计开发，具体涉及与西瓜叶片后绿性状紧密连锁的SNP位点及CAPS标记。

背景技术

作为一种重要的葫芦科作物，西瓜(Citrullus lanatus)是人们夏季消暑解渴的重要水果，在世界园艺作物中占有非常重要的地位。中国作为世界上西瓜生产和消费第一大国，目前，我国西瓜产业普遍存在品种更新滞后、结构单一的缺点，某些品种在一些地区已种植多年，难以满足市场多样性的需求。因此，培育多样化的品种，并加快育种进程成为西瓜育种家的重要目标。随着西瓜基因组时代的到来，明确西瓜重要农艺性状基因功能，并寻找控制这些性状的关键基因，将分子标记应用于育种是目前西瓜育种工作的一项重要内容。

在传统的选择育种中，因为难以确定后代的基因型，选择的依据通常是植物的表现型而不是基因型，选择时间较长，且表现型易受环境因素的影响，导致选择的不准确和效率较低。分子标记辅助育种以与目标形状紧密连锁分子标记为工具对目标性状进行筛选，通过分子标记以基因型进行种质资源的筛选，具有准确、快速、不受环境条件干扰的优点，避免了传统育种过程中性状选择的盲目性，提高了育种效率。CAPS标记是对扩增产物进行酶切分析的一种分子标记，具有高通量、简单、稳定、灵敏度高等特定，是目前分子标记辅助育种工作中极具发展前景的分子标记。

西瓜叶片后绿性状是目前发现的苗期鉴定西瓜杂交种子纯度最理想的标记性状。西瓜叶片后绿性状具有新生叶由浅黄—浅黄绿—正常绿的渐变过程，而正常绿植株叶片抽生即变绿，没有这个渐变的过程。因此，后绿与一般正常绿幼苗或植株有明显的区别，最早鉴别期在子叶出土到幼苗1片真叶期间，时间在播种后7-10d。通过鉴定后绿基因，开发其紧密连锁的分子标记进行品种初期筛选，达到分子辅助育种的目的，可大大缩短育种的周期提高育种效率。

西瓜叶片后绿性状在苗期即能准确鉴定杂种，具有准确、直观、简便、快速、低耗等优点。但该性状是隐性的，杂交一代不表现，给选育工作带来了很大难度。叶色是西瓜重要的农艺性状，与西瓜植株的光合作用能力息息相关，因此急需深入开展西瓜叶色研究，开发可用于西瓜育种的分子标记，以缩短育种进程提高育种效率。

发明内容

本发明的技术主旨在于对西瓜叶片后绿性状材料进行快速筛选，大大缩短育种周期，达到分子标记辅助育种的目的。基于西瓜叶片性状分子水平研究，本发明给出与西瓜叶片后绿性状紧密连锁的SNP位点，并针对所述SNP位点设计开发CAPS标记。具体地，本发明提供如下的技术方案。

西瓜叶片后绿基因(Delayed green，dg)连锁位点，其为与西瓜叶片后绿性状紧密连锁的SNP位点，在西瓜基因组3号染色体17896014bp位置，碱基变化为T→C。

再者，根据确定的与西瓜叶片后绿性状紧密连锁的SNP位点，本发明给出一种基于所述的SNP位点开发的西瓜叶片后绿基因CAPS标记。

如本发明说明书的实施例记载，所述CAPS标记采用引物对dg-F和dg-R进行扩增。

所述引物dg-F的核苷酸碱基序列为5’-GAAGGATGGCACACTTCGAT-3’。

所述引物dg-R的核苷酸碱基序列为5’-CAAACTCCACTCCAGGGGTA-3’。