[发明专利]一种鉴定黄瓜雌性系的方法及其使用的SNP引物组合

权利要求书

1.SNP引物组合，由用于扩增SNP12位点的引物组1和用于扩增SNP16位点的引物组2组成；所述SNP12位点和所述SNP16位点为黄瓜基因组上的SNP位点；

所述SNP12位点为6号染色体上的第24249840位核苷酸；

所述SNP16位点为6号染色体上的第24254904位核苷酸；

其中SNP位点在染色体上的位置是基于华北型黄瓜9930参考基因组序列比对确定的；所述华北型黄瓜9930参考基因组序列的版本号为V2。

2.如权利要求1所述的SNP引物组合，其特征在于：

所述引物组1由SEQ ID NO：1所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成；

所述引物组2由SEQ ID NO：4所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。

3.如权利要求1所述的SNP引物组合，其特征在于：

所述引物组1由SEQ ID NO：1自5’末端起第22至49位所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2自5’末端起第22至49位所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成；

所述引物组2由SEQ ID NO：4自5’末端起第22至49位所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5自5’末端起第22至46位所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。

4.权利要求1至3任一所述SNP引物组合的应用，为x1）或x2）：

x1）制备用于鉴定黄瓜雌性系的试剂盒；

x2）鉴定黄瓜雌性系。

5.含有权利要求1至3任一所述SNP引物组合的试剂盒。

6.权利要求5所述试剂盒在鉴定黄瓜雌性系中的应用。

7.一种鉴定待测黄瓜是否为或疑似为雌性系的方法，包括如下步骤：检测待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型和/或所述SNP16位点的基因型，然后进行如下判断：如果待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型为AA纯合型和/或基于权利要求1中所述SNP16位点的基因型为AA纯合型，则待测黄瓜为或疑似为雌性系；如果待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型为TT纯合型和/或基于权利要求1中所述SNP16位点的基因型为GG纯合型，则待测黄瓜为或疑似为普通系。

8.如权利要求7所述的方法，其特征在于：所述检测待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型和/或所述SNP16位点的基因型的方法如下：

（a1）以待测黄瓜的基因组DNA为模板，分别采用权利要求2所述SNP引物组合中的引物组进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

（a2）完成步骤（a1）后，采用仪器检测PCR扩增产物的荧光信号，根据荧光信号的颜色获得待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型和/或所述SNP16位点的基因型。

9.如权利要求7所述的方法，其特征在于：所述检测待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型和/或所述SNP16位点的基因型的方法如下：

（b1）以待测黄瓜的基因组DNA为模板，分别采用权利要求3所述SNP引物组合中的引物组进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

（b2）取步骤（b1）得到的PCR扩增产物，测序；

（b3）根据步骤（b2）得到的测序结果，获得待测黄瓜基于权利要求1中所述SNP12位点的基因型和/或所述SNP16位点的基因型。