[发明专利]一种鉴定黄瓜雌性系的方法及其使用的SNP引物组合

说明书

本发明公开了一种鉴定黄瓜雌性系的方法及其使用的SNP引物组合。本发明所提供的SNP引物组合由2个引物组组成；每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点；各个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：6所示。该SNP引物组合可在黄瓜的种子或幼苗期进行早期鉴定，加快雌性系材料的筛选，并为黄瓜雌性系选育提供技术支持。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点，具有十分广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定黄瓜雌性系的方法及其使用的SNP引物组合。

背景技术

黄瓜是我国重要的瓜类作物之一，占全国蔬菜栽培面积的6.2％。目前全国申请登记的黄瓜品种已达1607个，且93％以上为一代杂交种。黄瓜雌性系是只有雌花而无或少雄花的品系，在黄瓜杂交种配置和选育方面具有得天独厚的优势，可显著提高制种纯度并降低制种成本。但我国黄瓜种质资源大多缺乏雌性基因，国内现有的黄瓜雌性系材料多为从国外引进的欧洲加工型黄瓜，属于果实表面光滑少刺类型，不能直接用于华北密刺型黄瓜育种。因此，找到并利用与黄瓜雌性基因紧密连锁的分子标记，是加快我国黄瓜雌性系材料选育的一条有效途径。目前，随着黄瓜雌性基因的遗传定位研究，已开发了多个与黄瓜雌性基因相关的分子标记(王鹤冰，向华丰，张生，熊艳，张洪成(2015).中国黄瓜雌性系研究进展，中国农学通报，31(10)：92-96)，但这些分子标记未利用基因组变异组分析，且与黄瓜雌性基因的遗传距离较远，鉴定材料较少，无法大规模、高通量的鉴定黄瓜雌性系。

第三代分子标记SNP，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着高通量测序技术的发展和测序成本的不断降低，完成全基因组重测序的黄瓜材料越来越多；基于分析黄瓜变异组信息，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。采用等位基因竞争性特异PCR法，开发其特异性引物，可获得样本在SNP位点的基因型，目前已开始应用到黄瓜分子标记辅助育种。

发明内容

本发明的目的是鉴定黄瓜雌性系。

本发明首先保护SNP位点组合，可包括位于黄瓜基因组上的SNP12位点和/或SNP16位点；所述SNP12位点为6号染色体上的第24249840位核苷酸；所述SNP16位点为6号染色体上的第24254904位核苷酸。

所述SNP位点组合具体可由所述SNP12位点和所述SNP16位点组成。

本发明还保护SNP引物组合，可包括用于扩增所述SNP12位点的引物组1和/或用于扩增所述SNP16位点的引物组2。

所述SNP引物组合中，所述引物组1可由SEQ ID NO：1所示的正向引物1F1、SEQ IDNO：2所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成。所述引物组2可由SEQ IDNO：4所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。

所述SNP引物组合中，所述引物组1可由SEQ ID NO：1自5’末端起第22至49位所示的正向引物1F1、SEQ ID NO：2自5’末端起第22至49位所示的正向引物1F2和SEQ ID NO：3所示的反向引物1R组成。所述引物组2可由SEQ ID NO：4自5’末端起第22至49位所示的正向引物2F1、SEQ ID NO：5自5’末端起第22至46位所示的正向引物2F2和SEQ ID NO：6所示的反向引物2R组成。

上述任一所述引物组中，名称中含有“F1”的引物、名称中含有“F2”的引物和名称中含有“R”的引物的摩尔比具体可为2:2:5。

上述任一所述SNP引物组合具体可由所述引物组1和所述引物组2组成。