[发明专利]一种夏南牛HMGA2基因Indel标记的检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种夏南牛HMGA2基因Indel标记的检测方法及应用；以夏南牛的基因组DNA为模板，通过PCR扩增夏南牛HMGA2基因部分片段，并利用琼脂糖凝胶电泳对夏南牛个体HMGA2基因chr5:48094736‑48094742的7bp插入缺失突变位点快速分型；该检测方法可以在DNA水平上筛查和检测与夏南牛体高密切相关的分子遗传标记，并应用于夏南牛体高的分子标记辅助选择，从而加快夏南牛品种改良的选育进程。

技术领域

本发明属于家畜分子育种领域，涉及一种检测夏南牛体高相关的HMGA2基因Indel标记的方法及应用。

背景技术

夏南牛是以夏洛莱牛为父本，经导入杂交、横交固定和自群繁育三个阶段的开放式育种培育形成的专门化肉牛培育品种。夏南牛体质健壮、性情温驯，成年牛体躯为长方形，结构匀称、胸深肋圆、背腰平直、尻部宽长、尾细长、四肢粗壮，肉用特征明显。成年公牛体高(142.5±8.5)cm，体重850kg；成年母牛体高(135.5±9.2)cm，体重600kg。夏南牛耐粗饲、适应性强，舍饲、放牧均可，在农区、半农牧区均可饲养，具有生长发育快、易育肥的特点。

插入缺失突变(Insertion/deletion，Indel)指的是两种基因型在全基因组中的差异，相对于其中一个基因型而言，另一个基因型的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失，是一类共显性标记。Indel在基因组中分布广泛、密度大、数目多，远高于SSR(simplesequence repeats)标记。SNP标记在理论上潜力很大，但检测方法和成本通常要比Indel高。Indel目前大多是利用电泳平台进行分型，电泳分型平台不需要复杂的实验设备，分型快速、准确、经济。Indel作为一种分子标记，已在畜禽分子标记辅助选择(molecular mark-assisted selection，MAS)中得到广泛应用。MAS是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，加快畜禽品种综合性状的遗传改良。

HMGA家族包括HMGA1a、HMGA1b、HMGA1c和HMGA2四个成员，其中前三者均是由HMGA1基因经可变剪切产生。HMGA家族成员在N末端均含有三个“AT钩”，可以与富含AT序列的DNA小沟结合，诱导染色质构象改变，进而招募转录复合物，促进基因转录，因此HMGA2基因可以作为牛生长发育的候选基因。目前在HMGA2基因内含子3中已鉴定出与西门塔尔牛体高显著相关的单核苷酸多态(SNP)位点rs29016809，但该位点的突变在夏南牛中并不存在表型效应。

发明内容

本发明的目的在于提供一种夏南牛HMGA2基因Indel标记的检测方法及应用，从而加快夏南牛品种改良的选育进程。

为了实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种夏南牛HMGA2基因插入缺失突变的检测方法，包括以下步骤：

以待测夏南牛个体全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增夏南牛HMGA2基因部分片段，对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定夏南牛个体HMGA2基因插入缺失突变位点(牛HMGA2基因chr5:48094736-48094742(UMD3.1.1))的基因型。

优选的，所述的引物对P为：

上游引物F1：5’-CAGGTGGTGTTCAGATCTGCTCTG-3’；

下游引物R1：5’-CAGGTTGTCTGAGGTCCATCG-3’。

优选的，所述的PCR所用的扩增体系以25μL计为：50ng/μL模板DNA 1.0μL、10pmol/L的引物对P的上、下游引物各1μL、2×Taq PCR Master Mix 13μL，以及去离子水9μL。

优选的，所述的PCR所用的扩增反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸20s，35个循环；72℃延伸10min。