[发明专利]一种捕获文库构建方法及应用在审
申请号: | 202010573877.5 | 申请日: | 2020-06-22 |
公开(公告)号: | CN111690988A | 公开(公告)日: | 2020-09-22 |
发明(设计)人: | 覃振东;王梁辉;杨敬敏;高鹏飞;唐嘉婕 | 申请(专利权)人: | 上海韦翰斯生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/6806;C12Q1/6869 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 朱凌娇;许亦琳 |
地址: | 201318 上海市浦东*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 捕获 文库 构建 方法 应用 | ||
1.一种捕获文库构建方法,至少包括以下步骤:
1)将片段化的DNA与接头连接,获得预文库;
2)利用扩增引物对预文库进行扩增,获得富集文库;所述扩增引物包括上游引物和下游引物,所述上游引物或下游引物的一端设有修饰基团;或者,所述上游引物和下游引物的一端同时设有不同的修饰基团;所述富集文库中包括双链DNA;
3)使用核酸酶消化所述富集文库,使得所述富集文库中的双链DNA的一条单链被消化;
4)在不存在接头封闭序列或存在低于正常工作体积的接头封闭序列的情况下,将步骤3)获得的产物与杂交探针进行杂交捕获,获得捕获文库。
2.如权利要求1所述的捕获文库构建方法,其特征在于,步骤2)中,所述扩增引物中,所述修饰基团设于5’端一侧的碱基上。
3.如权利要求1所述的捕获文库构建方法,其特征在于,步骤2)中,所述修饰基团的修饰方式选自生物素修饰、氨基修饰、磷酸化修饰、巯基修饰、硫代修饰或双脱氧碱基修饰。
4.如权利要求2所述的捕获文库构建方法,其特征在于,步骤2)中,上游引物或下游引物引物中,被修饰的碱基的数量为1-10个。
5.如权利要求1所述的捕获文库构建方法,还包括在步骤1)之前,将片段化的DNA进行末端修复和/或末端加A的步骤。
6.如权利要求5所述的捕获文库构建方法,其特征在于,DNA片段化、末端修复和末端加A在一个反应体系中进行。
7.如权利要求1所述的捕获文库构建方法,其特征在于,还包括以下特征中的一项或多项:
a.所述接头选自短Y型接头或长Y型接头;
b.所述核酸酶选自T7外切酶、T5外切酶、Lambda外切酶或外切酶III。
8.一种用于构建捕获文库的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括:
(1)用于连接接头的试剂,包括接头;
(2)用于PCR扩增的试剂,包括扩增引物,所述扩增引物包括上游引物和下游引物,所述上游引物或下游引物的一端设有修饰基团;或者,所述上游引物和下游引物的一端同时设有不同的修饰基团;
(3)用于核酸消化的核酸酶;
(4)用于杂交的试剂,不包括封闭序列。
9.如权利要求8所述的用于构建捕获文库的试剂盒,其特征在于,还包括以下特征中的一项或多项:
a.所述扩增引物中,所述修饰基团设于5’端一侧的碱基上;
b.所述修饰基团的修饰方式选自生物素修饰、氨基修饰、磷酸化修饰、巯基修饰、硫代修饰或双脱氧碱基修饰;
c.所述接头选自短Y型接头或长Y型接头;
d.所述核酸酶选自T7外切酶、T5外切酶、Lambda外切酶或外切酶III;
e.所述试剂盒还包括用于进行末端修复和/或末端加A的试剂。
10.如权利要求8所述的用于构建捕获文库的试剂盒,其特征在于,上游引物或下游引物引物中,被修饰的碱基的数量为1-10个。
11.一种捕获文库,采用如权利要求1-7任一所述的捕获文库构建方法或权利要求8-10所述的用于构建捕获文库的试剂盒构建。
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