[发明专利]一种捕获文库构建方法及应用

说明书

本发明提供一种捕获文库构建方法，至少包括以下步骤：1）将片段化的DNA与接头连接，获得预文库；2）利用扩增引物对预文库进行扩增，获得富集文库；所述扩增引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物或下游引物的一端设有修饰基团；或者，所述上游引物和下游引物的一端同时设有不同的修饰基团；所述富集文库中包括双链DNA；3）使用核酸酶消化所述富集文库，使得所述富集文库中的双链DNA的一条单链被消化；4）在不存在接头封闭序列或存在低于正常工作体积的接头封闭序列的情况下，将步骤3）获得的产物与杂交探针进行杂交捕获，获得捕获文库。本发明可以在不加或减少封闭序列的前提下，保持较好的捕获效率，显著降低测序成本。

技术领域

本发明涉及基因测序领域，特别是涉及一种捕获文库构建方法及应用。

背景技术

在二代测序中，常需要对特定基因组目标区域测序。目标区域测序，比较常用的方法是利用DNA或RNA探针杂交捕获目标基因或基因组区域的DNA片段，以提高测序的深度、准确性和灵敏度。杂交捕获过程中会用到一种必不可少的试剂-接头封闭序列。接头封闭序列是用来封闭文库的接头序列，防止引起二次杂交。如图1所示，杂交时双链文库变性为单链，单链文库中每个分子带有相同的接头序列，杂交过程中，与探针结合的单链文库分子，其接头序列部分，可能会结合其他非目标区域的单链文库分子。造成捕获特异性下降。如图2所示，接头封闭序列与接头序列碱基互补配对，使其不能与其它的接头序列互补，由此提高捕获的特异性。

二代测序接头，均可被接头封闭序列高效封闭，显著提高中靶率。但是，接头封闭序列的成本较高，在整个杂交捕获过程的总成本中占了比较大的比例。杂交捕获文库构建过程中，如果可以省略或降低使用接头封闭序列，同时保持较高的中靶率，可以明显节省实验成本。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种捕获文库构建方法及应用。

本发明第一方面提供一种捕获文库构建方法，至少包括以下步骤：

1)将片段化的DNA与接头连接，获得预文库；

2)利用扩增引物对预文库进行扩增，获得富集文库；所述扩增引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物或下游引物的一端设有修饰基团；或者，所述上游引物和下游引物的一端同时设有不同的修饰基团；所述富集文库中包括双链DNA；

3)使用核酸酶消化所述富集文库，使得所述富集文库中的双链DNA的一条单链被消化；

4)在不存在接头封闭序列或存在低于正常工作体积的接头封闭序列的情况下，将步骤3)获得的产物与杂交探针进行杂交捕获，获得捕获文库。

本发明第二方面提供一种用于构建捕获文库的试剂盒，所述试剂盒包括：

(1)用于连接接头的试剂，包括接头；

(2)用于PCR扩增的试剂，包括扩增引物，所述扩增引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物或下游引物的一端设有修饰基团；或者，所述上游引物和下游引物的一端同时设有不同的修饰基团；

(3)用于杂交的试剂，不包括封闭序列。

本发明第三方面提供一种捕获文库，采用前述的捕获文库构建方法或前述用于构建捕获文库的试剂盒构建。

如上所述，本发明的一种捕获文库构建方法及应用，具有以下有益效果：

本发明所述方法通过用核酸酶消化其中一条文库单链，产生的单链文库用于杂交，直接避免了杂交过程中文库互补单链间由于接头序列互补导致的二次杂交，从而提高捕获特异性。可以在不加或少量封闭序列的前提下，保持较好的捕获效率，显著降低测序成本。

附图说明

图1：现有技术中，无封闭接头序列时，杂交捕获过程示意图。