[发明专利]一种基于CCDC39基因CNV检测辅助选择黄牛生长性状的方法

权利要求书

1.一种检测黄牛CCDC39基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：

以黄牛基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增CCDC39基因的拷贝数变异区域以及作为参考的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定黄牛CCDC39基因的拷贝数变异类型；

所述的引物对P1为：

上游引物F1：5’- AGCTCAGGTGACTAGGGACA -3’

下游引物R1：5’- TGGGCATCATCAGGGAAAGAG -3’ ；

所述的引物对P2为：

上游引物F2：5’- AACCAGGAGAAACTCGCCAA -3’

下游引物R2：5’- TTCGGTGAAATGCCCTCTCG -3’ ；

所述的CCDC39基因的拷贝数变异区域位于牛CCDC39基因候选区域Chr 1:87264301-87269200；

所述的拷贝数变异类型是根据2*2^−ΔΔCt将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2^−ΔΔCt 2；缺失型，2*2^−ΔΔCt 2；正常型，2*2^−ΔΔCt =2；

所述黄牛选自云岭牛。

2.根据权利要求1所述一种检测黄牛CCDC39基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的实时荧光定量PCR的扩增体系包括：50 ng/μL模板DNA 1 μL，以及10 pmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5 μL。

3.根据权利要求1所述一种检测黄牛CCDC39基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的实时荧光定量PCR的扩增反应程序为：95℃预变性30 s；95℃变性10 s，60℃退火30 s，39个循环。

4.如权利要求1-3中任意一项权利要求所述的方法在黄牛分子育种中的应用，其特征在于：所述的拷贝数变异类型中，缺失型可以作为生长性状优异的黄牛个体的早期分子标记辅助选择的CNV标记；所述的生长性状选自体重。

5.一种检测云岭牛CCDC39基因拷贝数变异的试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于扩增CCDC39基因的拷贝数变异区域以及作为参考的BTF3基因的部分片段的实时荧光定量PCR引物，所述引物具体包括引物对P1以及引物对P2；

所述的引物对P1为：

上游引物F1：5’- AGCTCAGGTGACTAGGGACA -3’

下游引物R1：5’- TGGGCATCATCAGGGAAAGAG -3’ ；

所述的引物对P2为：

上游引物F2：5’- AACCAGGAGAAACTCGCCAA -3’

下游引物R2：5’- TTCGGTGAAATGCCCTCTCG -3’。