[发明专利]一种基于染色体结构变异的桃果实形状早期检测方法

说明书

本发明涉及一种基于PCR技术进行栽培桃果形早期鉴定的方法。本发明PCR检测采用4对引物，包括1对用于鉴定INV56F(Flat)的引物(P1)，以及3对用于鉴定INV56R(Round)的引物(P2/3/4)。鉴定方法是以待测桃基因组DNA为模板，先用P1、P2分别进行扩增，对扩增产物进行检测，如果获得1391bp及705bp两条特异扩增条带，则果形为扁；如果仅有705bp特异扩增条带，则果形为圆；如果没有获得705bp的条带，则继续用P3引物对进行扩增，如果获得981bp的特异扩增产物条带，则果形为圆，否则再继续用P4引物进行扩增；如果获得651bp的特异扩增产物条带，则果形为圆，否则果形暂时不能判断。该方法引物特异性高，设置对照引物，可有效防止假阴性的产生，具有操作简单、鉴别快速，结果准确等特点。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及桃果实形状的检测，更具体涉及基于染色体结构变异的桃果实形状早期检测方法。

技术背景

桃广泛生长于温带及亚热带地区，具有重要经济价值。果实形状是桃非常显著的农艺特征之一，分为圆形桃和扁形桃。扁形桃又称蟠桃，是桃的一个变种，可食用比例高，风味甜而多汁，深受我国消费者喜爱，近年来在桃消费市场中所占比例正逐渐增大。蟠桃起源于我国，历史悠久，十八世纪中期，蟠桃传入西方，并很快获得当地消费者青睐，具有很大的市场空间。相比于圆形桃来说，蟠桃的种质资源非常有限，又由于丰产性差、易裂顶等因素的影响，使得蟠桃的育种工作发展缓慢。

现有的研究表明，桃果形性状由6号染色体上的S基因控制，蟠桃为杂合显性基因型Ss，圆形桃为纯合隐性基因型ss(Lesley,JW.(1940).“A genetic study of saucerfruit shape and other characters in the peach.”Proc Am Soc Hortic Sci 37:218–222.)。一些分子标记被报道与该性状紧密连锁，例如：SSR分子标记MA040a，MA014a(Dirlewanger,E.and P.Cosson,et al.(2006).Development of a second-generationgenetic linkage map for peach[Prunus persica(L.)Batsch]and characterizationof morphological traits affecting flower and fruit.Tree GeneticsGenomes 3(1):1-13.)和UDP98-412(Dirlewanger,E.and P.Cosson,et al.(2006).Combininglinkage and association mapping to search for markers linked to the flatfruit character in peach.Tree GeneticsGenomes(3):1-13.)。此外，一个发生6号染色体上的～10Kb的片段缺失也被认为与果实圆扁性状紧密连锁(López-Girona,E.andY.Zhang,et al.(2017).A deletion affecting an LRR-RLK gene co-segregates withthe fruit flat shape trait in peach.Scientific Reports 7(1):6714.)。目前，鉴别准确度最高的是位于6号染色体25,060,196bp的SNP分子标记，当该位点为T/T基因型时，表型为圆形；当为A/T或A/A基因型时，表型为扁形(Cao,K.and Z.Zhou,et al.(2016).Genome-wide association study of 12agronomic traits in peach.NatureCommunications 7:13246.)，利用该分子标记设计一对AS-PCR引物，对待检栽培桃基因组DNA进行PCR扩增时，如果有目标条带即为蟠桃，否则为圆形桃(与桃果形圆、扁性状连锁的SNP位点、基于该位点的分子标记及其应用.王力荣,郭健,曹珂,朱更瑞,方伟超,陈昌文,王新卫,李勇；中国专利:CN104962627B,2019-05-24)。该方法的缺点是可能会存在假阴性等技术问题，例如目的条带的缺失是否是由于譬如DNA质量不好等原因所导致。