[发明专利]一种检测毛竹环状RNA表观遗传修饰的方法在审
| 申请号： | 202010640832.5 | 申请日： | 2020-07-06 |
| 公开（公告）号： | CN111705119A | 公开（公告）日： | 2020-09-25 |
| 发明（设计）人： | 顾连峰;王慧慧;王永生;韩茜妹;魏文桃;席飞虎;王汇源 | 申请（专利权）人： | 福建农林大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 福州元创专利商标代理有限公司 35100 | 代理人： | 饶文君;蔡学俊 |
| 地址： | 350002 福*** | 国省代码： | 福建;35 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 检测 毛竹 环状 rna 表观 遗传 修饰 方法 | ||
1.一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，包括以下步骤：提取样品总RNA、使用RNase R消化线性RNA、给残留的线性RNA加poly(A)尾巴、去除含poly(A)尾的RNA、去除核糖体RNA、将富集的环状RNA打断并 3' 端去磷酸化、基于Oxford NanoporeTechnologies测序平台直接对环状RNA进行测序、识别环状RNA 表观修饰。
2.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，给残留的线性RNA加poly(A)尾巴是通过Poly(A) Tailing Kit实现的。
3.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，去除含poly(A)尾的RNA是采用Dynabeads mRNA Purification kit进行的。
4.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，去除核糖体RNA是采用RiboMinus™ Plant Kit for RNA-Seq进行的，该方法去除植物样本中主要的核糖体RNA。
5.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，环状RNA打断是使用RNA Fragmentation Reagents 进行的，打断参数为70℃下孵育5min 。
6.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，RNA片段 3' 端去磷酸化是通过T4 Polynucleotide Kinase实现的，反应条件为37℃下孵育30min。
7.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，基于nanopore 测序平台和适用于环状RNA的反转录接头进行反转录，再连接上测序接头进行RNA测序。
8.根据权利要求1所述的一种检测毛竹环状RNA 表观遗传修饰的方法，其特征在于，通过nanopore RNA测序数据识别环状RNA。
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