[发明专利]一种马氏珠母贝生长性状相关的KSPI基因SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种马氏珠母贝生长性状相关的KSPI基因SNP分子标记及应用，属于分子标记辅助育种技术领域；该位点对应于马氏珠母贝Kazal型丝氨酸蛋白酶抑制剂(Pinctada fucata martensii Kazal‑type serine proteinase inhibitor)基因外显子区位点，其SNP位点对应于马氏珠母贝第3号染色体上第38429470处位点处碱基A或T或第38429512处位点碱基A或G。本发明SNP标记与马氏珠母贝生长性状(壳长、壳宽、壳高、壳重及总重)显著关联，是两个新的分子标记，通过确定待测马氏珠母贝SNP位点基因型，从而对马氏珠母贝生长性状进行早期选育，缩短育种周期，提高遗传进展，节省生产成本，具有明显的经济效益与社会效益。

技术领域

本发明公开了一种马氏珠母贝生长性状相关的KSPI基因SNP分子标记及其应用，属于分子标记辅助育种技术领域。

背景技术

马氏珠母贝是我国培育海水珍珠的主要贝类，所培育的“南珠”占我国海水珍珠产量的95％以上。由于长期使用少量亲本繁殖和无序引种杂交，马氏珠母贝养殖群体产生了严重的异常性状分离，性状退化，表现为贝体变小、性早熟、珍珠质分泌能力减弱等。此外，海区养殖密度过大，养殖环境恶化，导致了我国海水珍珠产量的持续下降，严重影响了珍珠产业的效益和发展。优良品种培育是解决影响产业瓶颈问题的有效途径之一，以分子标记辅助育种技术能提高选择准确性、缩短育种时间，已成为当前育种常用手段。马氏珠母贝生长性状属于数量性状，由多基因控制，寻找对生长性状具有较大遗传贡献率的基因或分子标记，是开展分子标记辅助育种的前提条件。

KSPI通常具有一个或多个由长短不同的肽段连接的Kazal特有结构域。早期关于KSPI的研究多集中在脊椎动物，目前在无脊椎动物的南美白对虾、罗氏沼虾、克氏原螯虾、青蛤等多种水产动物中被鉴定到。KSPI蛋白的Kazal结构域根据半胱氨酸残基数量不同，可以将其分为典型和非典型两种。典型Kazal型结构域通常由50-60个氨基酸残基组成，其中六个半胱氨酸残基以1-5,2-4,3-6的模式形成三对二硫键和一个较为保守的序列模型：C-X(7)-C-X(6)-Y-X(3)-C-X(2,3)-C。PmKSPI基因与大多数Kazal结构域一样，具有典型的保守序列模型和三对二硫键。Kazal型结构域从N端开始，第二个半胱氨酸残基后的第二个氨基酸被称为P1位点，可决定其抑制因子的专一性。当P1残基为Tyr、Phe、Pro、Met、Glu或Leu时，能抑制糜蛋白酶的活性；P1残基为Ser或Ala时，能抑制类弹性蛋白酶；P1残基为Arg或Lys时，对胰蛋白酶有显著的抑制作用；P1残基为Asp或Thr时，能抑制蛋白酶K和枯草杆菌蛋白酶。PmKSPI蛋白序列中P1位点有多种氨基酸残基包括Lys、Thr、Arg、Leu和Phe，具有抑制胰蛋白酶和糜蛋白酶活性的潜力，因此PmKSPI可能通过抑制胰蛋白酶和糜蛋白酶的活性，参与马氏珠母贝消化吸收过程进而调节其生长代谢过程。组织荧光定量结果显示PmKSPI在所有组织中均有表达，表明其可在多种组织中起调节作用。幼体发育不同时期荧光定量结果显示PmKSPI在马氏珠母贝幼体发育不同时期均有表达，参与幼体发育过程。因此，研究马氏珠母贝生长性状相关的KSPI基因SNP分子标记及其应用对于马氏珠母贝的选育具有积极的意义。

发明内容

本发明提供了一种马氏珠母贝生长性状相关的PmKSPI基因SNP分子标记及其应用，可通过确定待测马氏珠母贝SNP位点的基因型，从而对马氏珠母贝生长性状(壳高、壳长、壳宽、总重与壳重)进行早期选育，不会受到马氏珠母贝贝龄限制，可有效用于马氏珠母贝的早期选育，缩短选育进程。

本发明所采取的技术方案是：

一种马氏珠母贝生长性状相关的PmKSPI基因SNP分子标记，所述的SNP标记位于马氏珠母贝KSPI基因g.38429470AT、g.38429512AG位点；

所述SNP分子标记在马氏珠母贝早期选育中的应用；