[发明专利]用于检测地中海贫血基因突变的高通量文库构建试剂盒及文库构建方法

说明书

本发明涉及一种用于检测地中海贫血基因突变的高通量文库构建试剂盒。其包括对应于待测样本中核苷酸序列的多对引物探针组、核酸外切酶、核酸连接酶和核酸聚合酶，还包括其他的建库试剂。本发明还涉及一种用于检测地中海贫血基因突变的文库构建方法。其包括步骤一、提供一反应体系；步骤二、杂交；步骤三、酶切纯化；步骤四、延伸连接纯化；步骤五、富集。本发明提供的试剂盒及文库构建方法具有全基因组文库构建、操作简单、实验步骤短、成本低、准确性高、富集效率高达80％以上等优点。

技术领域

本发明涉及基因测序技术领域，具体涉及一种用于检测地中海贫血基因突变的高通量文库构建试剂盒及文库构建方法。

背景技术

地中海贫血(Thalassemia)(简称地贫)是由于珠蛋白基因发生缺陷，导致珠蛋白链的合成减少或缺如，使形成血红蛋白的α-链/ 非α-链比例失衡，而导致的一组单基因遗传性、溶血性疾病。轻者可无临床表现，重者以进行性贫血为主要特征。根据珠蛋白肽链合成受到抑制的类型，地贫可以分为α-地贫、β-地贫、δ-地贫、γ-地贫、δβ-地贫和εγδβ-地贫。临床上，地中海贫血又分为轻型(地中海贫血基因携带者)、中间型和重型3个类型。

α-地中海贫血是由于α-珠蛋白基因(HBA2和HBA1)缺失或非缺失突变，导致α珠蛋白链功能异常，或合成减少而引起的一种遗传性溶血性疾病。引发α-地中海贫血的突变主要是类α-珠蛋白基因簇的大片段缺失，此外，还有少量α-地中海贫血是由于α2或α1基因的点突变导致。

β-地中海贫血的分子基础是珠蛋白基因(HBB)的点突变或核苷酸序列缺失，造成β珠蛋白合成的减少或缺如。β-珠蛋白基因突变主要分为两大类：一类是非缺失型突变，包括转录突变、RN加工突变、翻译突变、显性遗传性β地中海贫血和高度不稳定性血红蛋白、转录起始点突变、起始密码子突变、非翻译区突变、PolyA加合信号的突变。另一类是缺失型突变。另外，类β-珠蛋白基因簇的大片段缺失会导致β-地中海贫血或遗传性持续性胎儿血红蛋白增高症 (Hereditary persistence of fetal hemoglobin，HPFH)。

目前世界上已发现至少300种α-珠蛋白基因变异和200余种β- 珠蛋白基因变异，而在中国人群中目前报道的至少有57种(包括19 种缺失型和38种非缺失型)α-地中海贫血和95种β-地中海贫血突变类型。而携带有其中6种α-地中海贫血突变(--^SEA/、-α^3.7/、-α^4.2/、α^WSα/、α^CSα/、α^QSα/)和8种β-地中海贫血突变[CD41-42(-CTTT)、 IVS-II-654(C＞T)、CD71-72(+A)、CD17(AAG＞TAG)、 -28(A＞G)、CD26(GAG＞AAG)、-29(A＞G)和CD43(GAG ＞TAG)]的人群数量分别占了α-地中海贫血突变和β-地中海贫血突变人群总数的98％和95％以上。个别重要的遗传修饰基因(KLF1、 BCL11A、HMIP等)突变也能导致β-地贫样表型。

地贫集中在热带和亚热带地区，多发生于地中海沿岸国家，其次为中东、印度、巴基斯坦、东南亚、中国南方和北非，美国是移民国家，其发生率也较高。我国长江以南各省是地贫高发区，广东、广西、海南、台湾和香港等地受累人口超过2亿。目前地贫尚无根治的方法，只能依靠传统方法治疗，即以输血治疗为主，价格昂贵，因此产前筛查和诊断对预防该种出生缺陷疾病具有重大意义。