[发明专利]一种肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法及装置

权利要求书

1.一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

S1：从肿瘤组织单样本提取DNA；

S2：使用探针捕获肿瘤相关基因；

S3：通过高通量测序方法对所述肿瘤相关基因进行测序，获得高通量测序原始数据；

S4：对所述高通量测序原始数据进行过滤，以去除低质量的序列，获得高通量测序过滤数据；

S5：将所述高通量测序过滤数据比对到人参考基因组hg19上，并去除冗余序列；

S6：读取单核苷酸位点变异与小片段插入缺失变异，分析基因拷贝数变异，分析基因融合变异，分析微卫星位点稳定性情况，其中：

所述分析基因拷贝数变异如下进行：选用已经检测过的正常对照样本建立正常拷贝数基线，并基于所述正常拷贝数基线计算所述肿瘤组织单样本的基因拷贝数变异；

所述分析微卫星位点稳定性情况如下进行：选用已经检测过的正常对照样本构建出可以准确筛选单样本微卫星位点稳定情况的模型，对筛选到的微卫星位点情况进行统计，并基于所述模型判定所述肿瘤组织单样本的微卫星位点稳定性情况。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在S4中，在对所述高通量测序原始数据进行过滤时，使用fastp软件，参数设定为-3-W 4-M 25。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在S5中，在将所述高通量测序过滤数据比对到人参考基因组hg19上时，使用bwa mem软件，参数设定为-k32；在去除冗余序列时，使用gencore软件，参数设定为-s 1。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在S6中，

在读取单核苷酸位点变异与小片段插入缺失变异时，使用varscan软件，在读取突变位点时要求：突变位点最小覆盖深度为10，最低突变频率为2％，支持突变的碱基质量值高于25，序列比对质量值高于30，且没有链偏好性，即支持突变的reads均匀分布在正反两条链上，支持变异的分子总数大于等于3个，1000genome等人群频率低于0.1％；

在分析基因拷贝数变异时，根据CBS算法计算基因拷贝数变异；

在分析基因融合变异时，使用两种方式进行分析，第一种方法使用genefuse软件，第二种方法使用factera软件，然后分别对两种方法的结果进行过滤，取结果并集；

在分析微卫星位点稳定性情况时，根据统计结果，如存在超过20％的不稳定位点则判定该肿瘤组织单样本为微卫星不稳定，否则为稳定。

5.一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测装置，其特征在于，所述装置包括以下模块：

M1：DNA提取模块，用于从肿瘤组织单样本提取DNA；

M2：捕获模块，用于使用探针捕获肿瘤相关基因；

M3：测序模块，用于通过高通量测序方法对所述肿瘤相关基因进行测序，获得高通量测序原始数据；

M4：过滤模块，用于对所述高通量测序原始数据进行过滤，以去除低质量的序列，获得高通量测序过滤数据；

M5：比对模块，用于将所述高通量测序过滤数据比对到人参考基因组hg19上，并去除冗余序列；

M6：分析模块，用于读取单核苷酸位点变异与小片段插入缺失变异，分析基因拷贝数变异，分析基因融合变异，分析微卫星位点稳定性情况，其中：

所述分析基因拷贝数变异如下进行：选用已经检测过的正常对照样本建立正常拷贝数基线，并基于所述正常拷贝数基线计算所述肿瘤组织单样本的基因拷贝数变异；

所述分析微卫星位点稳定性情况如下进行：选用已经检测过的正常对照样本构建出可以准确筛选单样本微卫星位点稳定情况的模型，对筛选到的微卫星位点情况进行统计，并基于所述模型判定所述肿瘤组织单样本的微卫星位点稳定性情况。

6.根据权利要求5所述的装置，其特征在于，在M4中，在对所述高通量测序原始数据进行过滤时，使用fastp软件，参数设定为-3-W 4-M 25。