[发明专利]一种肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法及装置

说明书

本发明属于肿瘤基因检测技术领域，提供了一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法及装置，还提供了用于运行所述方法的计算机可读介质和检测设备。本发明通过选用已经检测过的正常对照样本建立正常拷贝数基线，并选用已经检测过的正常对照样本构建出可以准确筛选单样本微卫星位点稳定情况的模型，相比现有技术，可以解决无对照样本情况下进行肿瘤组织突变检测的难题，且可以更好地检测多种类型的突变(如SNV、INDEL、CNV、Fusion、MSI)，同时可以进行肿瘤突变负荷(TMB)的计算。本发明可以在无对照样本情况下实现肿瘤组织单样本的体细胞突变检测。

技术领域

本发明属于肿瘤基因检测技术领域，具体涉及一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法及装置。

背景技术

随着高通量测序技术的高速发展，基于高通量捕获测序的基因检测已经越来越多地用于指导临床肿瘤的检测和治疗。基因突变在肿瘤的发生和发展过程中扮演着重要的角色。突变分为体细胞突变与种系突变，前者发生在体细胞中，不遗传给后代，后者发生在受精卵中，可以遗传给后代。通常，肿瘤是体细胞突变的结果。体细胞突变包括单核苷酸位点变异(SNV)、小片段插入缺失变异(INDEL)、结构变异(SV)、拷贝数变异(CNV)、微卫星不稳定性(MSI)。一般情况下，检测肿瘤样本的体细胞突变需要同时检测正常对照样本，剔除正常对照样本中的种系突变后得到的真实突变才是体细胞突变。然而，通常从晚期患者中很难获取得到正常对照样本，因此在无对照样本情况下检测肿瘤组织中的体细胞突变是本领域的一大难题。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法及装置，以解决本领域在无对照样本情况下难以检测肿瘤组织中的体细胞突变的技术问题。

因此，在第一方面，本发明提供一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测方法，该方法包括以下步骤：

S1：从肿瘤组织单样本提取DNA；

S2：使用探针捕获肿瘤相关基因；

S3：通过高通量测序方法对肿瘤相关基因进行测序，获得高通量测序原始数据；

S4：对高通量测序原始数据进行过滤，以去除低质量的序列，获得高通量测序过滤数据；

S5：将高通量测序过滤数据比对到人参考基因组hg19上，并去除冗余序列；

S6：读取单核苷酸位点变异与小片段插入缺失变异，分析基因拷贝数变异，分析基因融合变异，分析微卫星位点稳定性情况，其中：

分析基因拷贝数变异如下进行：选用已经检测过的正常对照样本建立正常拷贝数基线，并基于该正常拷贝数基线计算肿瘤组织单样本的基因拷贝数变异；

分析微卫星位点稳定性情况如下进行：选用已经检测过的正常对照样本构建出可以准确筛选单样本微卫星位点稳定情况的模型，对筛选到的微卫星位点情况进行统计，并基于该模型判定肿瘤组织单样本的微卫星位点稳定性情况。

在第二方面，本发明提供一种基于高通量捕获测序的肿瘤组织单样本体细胞突变检测装置，该装置包括以下模块：

M1：DNA提取模块，用于从肿瘤组织单样本提取DNA；

M2：捕获模块，用于使用探针捕获肿瘤相关基因；

M3：测序模块，用于通过高通量测序方法对肿瘤相关基因进行测序，获得高通量测序原始数据；

M4：过滤模块，用于对高通量测序原始数据进行过滤，以去除低质量的序列，获得高通量测序过滤数据；

M5：比对模块，用于将高通量测序过滤数据比对到人参考基因组hg19上，并去除冗余序列；