[发明专利]一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法及其应用

权利要求书

1.一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1.基于靶标区间设计引物，扩增，构建文库，送高通量测序；

S2.对测序数据进行质控；

S3.对质控后的测序数据进行两端reads的拼接，获得长序列，统计计数；所述计数方法为：使用统计软件或脚本，将序列相同的样本计为一个，对不同样本的数量统计和计数；

S4.将S3获得的数据与靶标基因组序列比对，识别出不同的碱基序列，获得分析结果，确定基因突变情况。

2.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S1中设计引物扩增时，左右两端测序数据覆盖靶标区间重叠区间大于8bp。

3.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S1中所述测序使用PE150测序方法、PE250测序方法中的一种；用所述PE150测序方法是构建100-260bp文库，用所述PE250测序方法时构建100-460bp文库；所述测序基于Illumina测序平台，所述测序为多样品混样测序时，添加不同的barcode序列进行区分。

4.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S2中，所述质控方法为：去除质量值小于30的reads；去除“N”碱基含量大于10％的reads。

5.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S3中还包括去冗余：去除统计计数中占总reads数之比小于5％的reads。

6.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S4中所述靶标基因组序列包含所述步骤S1中的靶标区间；所述靶标基因组序列大小为500-1000bp。

7.根据权利要求1所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法，其特征在于，所述步骤S4中所述比对方法为，先对靶标基因组序列建立索引，再将所述步骤S3中的数据比对回靶标基因组序列。

8.权利要求1-6任意一项所述的一种快速精准确定基因编辑突变情况的方法在筛选基因突变体中的应用。

9.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述基因突变体包括通过人为的方法和天然的方法获得的突变体。

10.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述的基因突变体包括植物突变体、动物突变体和微生物突变体。