[发明专利]一种cffDNA非整倍体检测方法、系统、储存介质以及检测设备

说明书

本发明提出了一种cffDNA非整倍体检测方法、系统、储存介质以及检测设备，其中，方法包括以下步骤：从待测样本中提取cffDNA并构建文库；对所述文库进行测序获取测序数据；根据所述测序数据获取目标染色体对应的Zscore值以及双重胎儿浓度；其中，所述双重胎儿浓度用于反映染色体胎儿浓度与标准胎儿浓度的相互关系；分别对所述Zscore值以及双重胎儿浓度进行阈值比较，根据所述阈值比较结果判断目标染色体的非整倍性。

技术领域

本发明涉及高通量测序检测领域，更具体地，涉及一种cffDNA非整倍体检测方法、系统、储存介质以及检测设备。

背景技术

自从1997年在孕妇血浆中发现游离胎儿DNA(cell-free fetal DNA,cffDNA) 以来，开辟了非侵入性产前检查(NIPT)的新方法，与侵入性手术相比，并发症的风险降低了。cffDNA的应用包括检测非整倍性，诊断单基因疾病，确定胎儿性别相关性疾病和胎儿RhD状况。随着NGS的发展，通过大规模平行测序作为21、18和13三体组的筛查方法的无创胎儿检测非常敏感和特异，并已在多项临床试验中得到验证。现有技术依赖Zscore算法获取到目标染色体的Zscore值：

其中，GR(genomic representation of a chromosome)指染色体标准化序列数目，某条染色体的GR＝该染色体唯一比对序列数目/该样本总的唯一比对序列数目；这个步骤主要是起标准化作用，因为测序时每个样本的数据量是有差异的，可通过去除样本数据量的差异，将数据标准到一个水平上。其中，唯一比对序列数目是指测序片段中唯一比对到参考基因组的序列数目，也就是只比对到参考基因组的一位置的序列才统计，比对到多个位置的序列不统计；计算该样本总的唯一比对序列数目，包括染色体1～22，但是不包括性染色体X和Y。

如申请号为EP3447153A1的专利所示，现有技术在获取到目标染色体的 Zscore值后以固定的阳性检出阈值作为筛查基准，即当得到的Zscore值大于3 时则为非整倍体阳性；这种筛查方式对真阳性样本能够准确校验，但是在临床应用时却存在不少假阳性，阳性预测值不高。在临床上，NIPT检测的假阳性会给孕妇带来精神上的负担，导致不必要的穿刺复查。因此，对现有技术进行进一步完善就显得尤为重要。

发明内容

针对的现有技术的局限，本发明提出一种cffDNA非整倍体检测方法、系统、储存介质以及检测设备，技术方案如下：

一种cffDNA非整倍体检测方法，包括以下步骤：

从待测样本中提取cffDNA并构建文库；

对所述文库进行测序获取测序数据；

根据所述测序数据获取目标染色体对应的Zscore值以及双重胎儿浓度；其中，所述双重胎儿浓度用于反映染色体胎儿浓度与标准胎儿浓度的相互关系；

分别对所述Zscore值以及双重胎儿浓度进行阈值比较，根据所述阈值比较结果判断目标染色体的非整倍性。

相较于现有技术，本专利通过在原有基础上增设了对双重胎儿浓度进行的样本型别判断，克服了现有技术的不足，能够降低检测结果的假阳性；特别的，可实现降低NIPT对21、18和13三体组的假阳性率，极大的提高了阳性预测值，减少了因NIPT假阳性误导不必要的穿刺复检风险。

在一种优选方案中，通过以下公式获取所述双重胎儿浓度：

其中，FF_double表示双重胎儿浓度；FF_Y/X表示标准胎儿浓度，在下标为Y时 FF_Y为男胎的Y染色体计算胎儿浓度，在下标为X时FF_X为女胎的估计胎儿浓度；FF_i表示染色体胎儿浓度，下标i表示第i号常染色体染色体。