[发明专利]基于表型的致病基因定量测算方法及设备

权利要求书

1.一种基于表型的致病基因定量测算方法，其特征在于，包括：

获取患者临床症状和基因检测结果；

根据所述患者临床症状和基因检测结果，基于预设的基因与临床症状表型相关性模型，得到所述基因检测结果中各致病基因与临床症状表型的相关性分值；

还包括：

根据所述致病基因与临床症状表型的相关性分值和患者临床症状表型，基于预设的算法，得到所述致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值；

基于REVEL评分算法，计算所述致病基因的突变损害评分；

根据所述致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值，以及所述致病基因的突变损害评分，基于预设的算法，计算所述基因检测结果中全部致病基因的结论分值；所述致病基因的结论分值用于表示所述致病基因是导致患者出现所有临床症状表型的致病基因的可能性评分；

根据所述致病基因的结论分值对所述基因检测结果中全部致病基因进行排序，并输出预设排名的致病基因；

还包括：

获取多个患者的历史诊断结论作为样本数据；

根据所述样本数据训练基因与临床症状表型相关性模型；

所述根据所述样本数据训练所述基因与临床症状表型相关性模型，具体包括：

在患者的历史诊断结论，定义患者的临床症状表型类别，以及各个致病基因的诊断结论；其中致病基因的诊断结论包括：阳性或者阴性；

基于预设的算法，分别计算当致病基因的诊断结论为阳性时，患者携带有各类临床症状表型的概率，将所述概率确定为致病基因与临床症状表型的相关性分值；

所述计算当致病基因的诊断结论为阳性时，患者携带有各类临床症状表型的概率，具体包括：

分别计算致病基因与临床症状表型的关联有数据库支持时，致病基因的诊断结论为阳性，患者携带有各类临床症状表型的概率；以及，

致病基因与临床症状表型的关联无数据库支持时，致病基因的诊断结论为阳性，患者携带有各类临床症状表型的概率；

计算当致病基因的诊断结论为阳性时，患者携带有各类临床症状表型的概率的算法公式包括：

当致病基因与临床症状表型的关联有数据库支持时：

当致病基因与临床症状表型的关联无数据库支持时：

其中，cGPS_k,n表示致病基因n的诊断结论为阳性，患者携带有第k类临床症状表型的概率；R_n表示致病基因n的诊断结论，1代表阳性，0代表阴性；S_k表示患者是否有第k类临床症状表型，1代表有，0代表无；#()代表患者集合的大小；f(S_k＝1)表示多个患者中第k类临床症状表型的百分比；α取值区间为0-1；

根据致病基因与临床症状表型的相关性分值和患者临床症状表型，得到致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值的算法公式包括：

其中，PhenotypeScore_n表示致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值；cGPS_k,n表示致病基因n的诊断结论为阳性，患者携带有第k类临床症状表型的概率；S_k表示患者是否有第k类临床症状表型，1代表有，0代表无；

根据致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值，以及致病基因的突变损害评分，得到致病基因的结论分值的算法公式包括：

ConsistencyScoer_n＝PhenotypeScore_n*PathogenicityScore_n

其中，ConsistencyScoer_n表示致病基因的结论分值；所述PhenotypeScore_n表示致病基因与患者临床症状表型的匹配程度分值；所述PathogenicityScore_n表示致病基因的突变损害评分。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于REVEL评分算法，计算致病基因的突变损害评分，具体包括：

基于REVEL评分算法，计算致病基因经过滤后每一个变异位点的分值之和；

若致病基因的变异类型为严重影响蛋白质的变异类型，则将致病基因严重影响蛋白质的变异位点的分值确定为1；

若致病基因经过滤后每一个变异位点的分值之和大于1，则将致病基因的突变损害评分确定为1。

3.一种基于表型的致病基因定量测算设备，其特征在于，包括：

处理器和存储器；

所述处理器与存储器通过通信总线相连接：

其中，所述处理器，用于调用并执行所述存储器中存储的程序；

所述存储器，用于存储程序，所述程序至少用于执行权利要求1-2任一项所述的基于表型的致病基因定量测算方法。