[发明专利]一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法有效

专利信息
申请号: 202010690993.5 申请日: 2020-07-17
公开(公告)号: CN111781343B 公开(公告)日: 2023-03-21
发明(设计)人: 张德强;房媛媛;肖亮;权明洋;王丹;杜庆章 申请(专利权)人: 北京林业大学
主分类号: G01N33/53 分类号: G01N33/53;C12Q1/6827
代理公司: 北京高沃律师事务所 11569 代理人: 吕纪涛
地址: 100083 *** 国省代码: 北京;11
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摘要:
搜索关键词: 一种 检测 dna 甲基化 修饰 影响 转录 因子 序列 结合 方法
【权利要求书】:

1.一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)诱导转录因子表达编码蛋白,并纯化表达得到的蛋白,得到纯化蛋白;所述转录因子为BPC2转录因子,核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;

(2)根据所述转录因子的结合位点设计特异性DNA探针,对所述特异性DNA探针的胞嘧啶进行甲基化修饰,得到启动子DNA探针;所述特异性DNA探针针对杨树OM47基因启动子区域设计,所述杨树OM47基因启动子区域的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,设计得到的特异性DNA探针为pro-OM47-F和pro-OM47-R,其中pro-OM47-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,pro-OM47-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示,对pro-OM47-F包含的胞嘧啶碱基进行DNA甲基化修饰后,核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;对DNA甲基化修饰探针以及DNA未甲基化修饰探针进行生物素标记;

(3)使所述纯化蛋白和所述启动子DNA探针发生结合反应,根据结合条带强弱与有无检测蛋白-DNA的特异性结合能力,从而评价DNA甲基化修饰对转录因子结合的影响;进行所述结合反应时,还包括:设置所述纯化蛋白与未进行DNA甲基化修饰以及所述启动子DNA探针的结合反应体系,同时设置冷探针的竞争梯度,从而根据结合条带强弱与有无检测蛋白-DNA的特异性结合能力;

步骤(1)和步骤(2)之间不存在时间上的先后顺序。

2.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤(1)中利用原核表达方法诱导所述转录因子表达编码蛋白。

3.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤(1)中利用表达得到的蛋白所携带的标签进行纯化。

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