[发明专利]一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法有效
申请号: | 202010690993.5 | 申请日: | 2020-07-17 |
公开(公告)号: | CN111781343B | 公开(公告)日: | 2023-03-21 |
发明(设计)人: | 张德强;房媛媛;肖亮;权明洋;王丹;杜庆章 | 申请(专利权)人: | 北京林业大学 |
主分类号: | G01N33/53 | 分类号: | G01N33/53;C12Q1/6827 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 吕纪涛 |
地址: | 100083 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 检测 dna 甲基化 修饰 影响 转录 因子 序列 结合 方法 | ||
1.一种检测DNA甲基化修饰影响转录因子与DNA序列结合的方法,其特征在于,包括以下步骤:(1)诱导转录因子表达编码蛋白,并纯化表达得到的蛋白,得到纯化蛋白;所述转录因子为BPC2转录因子,核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
(2)根据所述转录因子的结合位点设计特异性DNA探针,对所述特异性DNA探针的胞嘧啶进行甲基化修饰,得到启动子DNA探针;所述特异性DNA探针针对杨树OM47基因启动子区域设计,所述杨树OM47基因启动子区域的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,设计得到的特异性DNA探针为pro-OM47-F和pro-OM47-R,其中pro-OM47-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,pro-OM47-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示,对pro-OM47-F包含的胞嘧啶碱基进行DNA甲基化修饰后,核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;对DNA甲基化修饰探针以及DNA未甲基化修饰探针进行生物素标记;
(3)使所述纯化蛋白和所述启动子DNA探针发生结合反应,根据结合条带强弱与有无检测蛋白-DNA的特异性结合能力,从而评价DNA甲基化修饰对转录因子结合的影响;进行所述结合反应时,还包括:设置所述纯化蛋白与未进行DNA甲基化修饰以及所述启动子DNA探针的结合反应体系,同时设置冷探针的竞争梯度,从而根据结合条带强弱与有无检测蛋白-DNA的特异性结合能力;
步骤(1)和步骤(2)之间不存在时间上的先后顺序。
2.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤(1)中利用原核表达方法诱导所述转录因子表达编码蛋白。
3.根据权利要求1所述方法,其特征在于,步骤(1)中利用表达得到的蛋白所携带的标签进行纯化。
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