[发明专利]用于肝癌患者抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化展示方法

说明书

本发明公开一种用于肝癌患者抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化展示方法，其包括：采集肿瘤组织及与其匹配的血细胞样本，分离出肿瘤组织DNA和RNA、血细胞DNA；对肿瘤组织RNA进行全转录组测序，得到全转录组测序数据；根据全转录组测序数据对七个免疫循环参数进行评估；对肿瘤组织DNA和血细胞DNA进行全外显子测序，得到全外显子测序数据；根据全外显子测序数据和全转录组测序数据，预测肿瘤新生抗原负荷；通过八个维度的基因参数表示抗肿瘤免疫循环，并对八个维度的基因参数进行可视化展示，其中八个维度的基因参数包括：T细胞免疫、肿瘤新生抗原负荷、致敏及活化、趋化及浸润、识别肿瘤细胞、抑制细胞、免疫检查点分子表达和抑制分子表达。

技术领域

本发明涉及肿瘤免疫技术领域，尤其涉及一种用于肝癌患者抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化展示方法。

背景技术

肝癌是一种常见的恶性肿瘤，其病死率在所有恶性肿瘤中位居第二，严重威胁人们的生命和健康。肝癌常见的治疗方案手术治疗、靶向治疗、经导管动脉化疗栓塞和消融等治疗对晚期肝癌的治疗效果非常有限。

近年来，免疫治疗的出现给肝癌的治疗提供了新的选择，细胞免疫治疗、细胞因子、肿瘤疫苗、溶瘤病毒以及免疫检查点抑制剂等新兴的免疫治疗技术也逐步往临床应用上推进，但是总体治疗应答率仍非常有限。

由于肝癌患者免疫微环境异质性较强，不同肝癌患者免疫微环境个体差异很大，建立个体化评估肝癌免疫微环境特征，细分不同免疫治疗方案的适应症人群，对提高肝癌的整体治疗应答率尤为重要。

发明内容

本发明的主要目的在于提供一种用于肝癌患者抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化展示方法，以解决缺乏肝癌患者的抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化评估方法的问题。

根据本发明实施例的用于肝癌患者抗肿瘤免疫应答的个体化的可视化展示方法包括：采集肿瘤组织及与其匹配的血细胞样本，分离出肿瘤组织DNA和RNA、血细胞DNA；对肿瘤组织RNA进行全转录组测序，得到全转录组测序数据；根据所述全转录组测序数据对以下七个免疫循环参数进行评估，所述七个免疫循环参数包括：T细胞免疫、致敏及活化、趋化及浸润、识别肿瘤细胞、抑制细胞、免疫检查点分子表达和抑制分子表达；对所述肿瘤组织DNA和所述血细胞DNA进行全外显子测序，得到全外显子测序数据；根据所述全外显子测序数据和所述全转录组测序数据，预测肿瘤新生抗原负荷；通过八个维度的基因参数表示抗肿瘤免疫循环，并对所述八个维度的基因参数进行可视化展示，其中所述八个维度的基因参数包括：T细胞免疫、肿瘤新生抗原负荷、致敏及活化、趋化及浸润、识别肿瘤细胞、抑制细胞、免疫检查点分子表达和抑制分子表达。

其中，采用雷达图可视化展示所述八个维度的基因参数。

其中，在所述雷达图中以逆时针顺序展示所述八个维度的基因参数。

其中，所述根据所述全外显子测序数据和所述全转录组测序数据预测肿瘤新生抗原负荷的步骤，包括：对所述全外显子测序数据进行HLA分型处理得到HLA分型结果；根据所述全外显子测序数据和所述全转录组测序数据鉴定出样本中的突变型抗原肽；对所述突变型抗原肽与其匹配的HLA分子的亲和力进行分析，预测肿瘤新生抗原负荷。

其中，所述对所述全外显子测序数据进行HLA分型处理的步骤，包括：选择6号染色体HLA分子全外显子测序数据，对HLA I型基因进行分型处理，并对得到的HLA分型结果进行确认分析。

其中，对所述突变型的抗原肽其匹配的HLA分子的亲和力进行分析的步骤，包括：计算突变型抗原肽的基因表达值，所述基因表达值大于预设值的突变型抗原肽为新生抗原负荷。

其中，所述预设值为1.6TPM。

其中，所述根据所述全转录组测序数据对以下七个免疫循环参数进行评估的步骤，包括：按照人类基因组进行序列比对，对所述肿瘤组织RNA的转录组进行组装，计算基因表达量TPM值，采用基因集变异分析对所述七个免疫循环参数进行评估。