[发明专利]一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法及系统

说明书

本发明提供一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法及系统，其中方法包括：步骤S1：从大规模全外显子测序样本中筛选出MSI不稳定位点；步骤S2：基于MSI不稳定位点检测样本的微卫星不稳定状态。本发明的基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法，采用大规模全外显子测序样本筛选出微卫星不稳定位点，有效保证检测的微卫星不稳定性的准确性。

技术领域

本发明涉及分子伴随诊断技术领域，特别涉及一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法及系统。

背景技术

目前，在细胞基因组中，微卫星指的是一串由短碱基单元多次重复构成的序列。微卫星在多数人体细胞中的重复次数分布是稳定的。然而研究发现在诸如结直肠癌在内的错配修复基因易突变肿瘤中，微卫星的重复次数分布与正常细胞有明显的差异，这种现象称为微卫星不稳定性。近年来微卫星不稳定性作为化疗和晚期实体肿瘤免疫治疗的标记物已被纳入诊疗指南和专家共识。与此同时基于二代测序的微卫星不稳定性检测方法由于其具有高精确度的特点被确定为微卫星不稳定检测的三种标准方法之一。基于二代测序的微卫星不稳定检测精度严重依赖于靶标区域的选择和计算算法的精度，因此挖掘更多在不同肿瘤类型中高频的微卫星不稳定位点以及提高算法的灵敏度对于更加准确的检测微卫星不稳定性具有重要的意义。

发明内容

本发明目的之一在于提供了一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法，采用大规模全外显子测序样本筛选出微卫星不稳定位点，有效保证检测的微卫星不稳定性的准确性。

本发明实施例提供的一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的方法，包括：

步骤S1：从大规模全外显子测序样本中筛选出MSI不稳定位点；

步骤S2：基于MSI不稳定位点检测样本的微卫星不稳定状态。

优选的，步骤S1：从大规模全外显子测序样本中筛选出MSI不稳定位点，具体包括：

步骤S101：筛选人类基因组序列中代表微卫星不稳定区域的Frameshift MSI位点；

步骤S102：确定大规模全外显子测序样本的微卫星不稳定状态，从大规模基因组序列中挑选出MSI-H样品；计算MSI-H样品的Frameshift MSI位点的MSI状态，以预设第一规则挑选高频的Frameshift MSI位点，将挑选的高频的Frameshift MSI位点作为MSI不稳定位点。

优选的，预设第一规则为使每个MSI-H样品中至少有预设数目的高频的Frameshift MSI位点。

优选的，步骤S2：基于MSI不稳定位点检测样本的微卫星不稳定状态，包括：

步骤S201:对样品的二代测序数据进行预处理；

步骤S202：计算样品的MSI不稳定位点重复基元分布；

步骤S203：计算样品的MSI不稳定位点重复基元分布熵值；

步骤S204:计算样品的微卫星不稳定状态。

优选的，样品为新鲜组织样品。作为替代，可以选用血液样品。

本发明还提供一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测的系统，包括：

MSI不稳定位点确定模块，用于从大规模全外显子测序样本中筛选出MSI不稳定位点；

微卫星不稳定状态检测模块，用于基于MSI不稳定位点检测样本的微卫星不稳定状态。

优选的，MSI不稳定位点确定模块包括：

Frameshift MSI位点确定子模块，用于筛选人类基因组序列中代表微卫星不稳定区域的Frameshift MSI位点；