[发明专利]一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法

权利要求书

1.一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：具体步骤如下：

（1）选取不同的野生丹参种群，每个种群采集至少3株野生丹参幼嫩茎叶；

（2）对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取；

（3）采用通用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增，获得YCF1–RPS15序列的扩增产物；对PCR产物纯化后进行双向测序，获得所有丹参个体YCF1–RPS15序列的核苷酸序列；其中，PCR扩增采用的通用引物序列为：

YCF1：5´ CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3´；

RPS15：5´ CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3´；

（4）用DNAStar中的SeqMan软件对双向测序后的序列进行拼接；

用ClustalX2软件对拼接后的序列进行比对；

用DnaSP5软件统计cpDNA单倍型，计算种群的核苷酸多态性和单倍型多态性，并根据岐点分布图追溯种群历史动态变化；

用Arlequin ver3.5软件进行分子方差AMOVA分析，计算种群内和种群间的遗传变异；

用MEGA6.0 构建野生丹参群体的亲缘关系；

（5）根据序列比对和生物信息学分析，获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。

2. 如权利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：PCR反应体系：20μL反应体系：包括10×buffer 2μL，dNTP mix 1.6μL，Taq酶0.1μL，上、下游引物各1μL，DNA模板1μL，ddH₂O 13.3μL。

3.如权利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：PCR扩增程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s，49℃退火30s，72℃延伸1min10s，35个循环，72℃延伸10min，4℃保存。

4.如权利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：所述步骤（1）中，对采集的野生丹参幼嫩茎叶，硅胶干燥保存。

5.如权利要求1所述的利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，其特征在于：所述步骤（2）中采用植物基因组DNA提取试剂盒对硅胶干燥后的样品进行基因组总DNA的提取；通过1%琼脂糖凝胶电泳检测所提取DNA的完整性。