[发明专利]一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法

说明书

本发明提供一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，具体步骤如下：（1）选取不同的野生丹参种群，对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取；采用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增，获得YCF1–RPS15序列的扩增产物；引物序列为：YCF1：5´CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3´；RPS15：5´CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3´；根据序列比对和生物信息学分析，获得野生丹参不同地理种群的遗传多样性水平和群体遗传结构。本发明提供的方法能分析野生丹参种群的遗传变异，了解河南省野生丹参群体的遗传多样性和遗传结构情况，结果可为野生丹参资源的合理利用和保护提供科学依据。

技术领域

本发明涉及生物遗传技术领域，尤其涉及一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，尤其是利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参不同地理种群遗传结构方法。

背景技术

遗传结构指群体遗传变异分布的时空格局。群体是物种进化的基本单位，遗传结构则是一个物种最基本的特征之一。群体的遗传结构受物种的繁育系统、花粉和种子的传播机制及地理隔离等多种因素的影响。种子传播能力强，种群一般不会形成显著的谱系地理结构，遗传变异主要存在于居群内；种子传播能力弱，种群间一般存在中度或高度的遗传分化及低水平的基因流，地理隔离和片段化则可能是导致物种群体遗传结构形成的主要原因。

丹参（Salvia miltiorrhiza Bunge）为唇形科鼠尾草属多年生草本植物，又名红根、赤参、血参。丹参在我国的地理分布范围较广，《中国植物志》中记载，山西、陕西、河南、山东、浙江、安徽等地均有野生丹参的分布，生于山坡、林下草丛中。河南地处亚热带与暖温带过渡区域，是我国野生丹参的分布区之一，随着我国心脑血管疾病发病率的逐年提高，丹参的市场需求量也越来越大，野生丹参因有效成分含量较栽培种高，采挖现象严重，导致野生丹参资源越来越少。YCF1–RPS15是叶绿体基因组的一段基因间隔区，具有进化速率较快的特点，利用该基因间隔区对野生丹参进行群体遗传学方面的研究鲜见报道。

发明内容

本发明提供一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，本发明提供的方法能分析野生丹参种群的遗传变异，了解河南省野生丹参群体的遗传多样性和遗传结构情况，结果可为野生丹参资源的合理利用和保护提供科学依据。

本发明的目的是以下述方式实现的：一种利用cpDNA序列YCF1–RPS15分析野生丹参群体遗传结构的方法，具体步骤如下：

（1）选取不同的野生丹参种群，每个种群采集至少3株野生丹参幼嫩茎叶；

（2）对每株野生丹参幼嫩茎叶进行基因组总DNA的提取；

（3）采用通用引物YCF1–RPS15对野生丹参种群个体进行PCR扩增，获得YCF1–RPS15序列的扩增产物；对PCR产物纯化后进行双向测序，获得所有丹参个体YCF1–RPS15序列的核苷酸序列；其中，PCR扩增采用的通用引物序列为：

YCF1：5´ CTTGTATGRATCGTTATTGKTTTG 3´；

RPS15：5´ CAATTYCAAATGTGAAGTAAGTCTCC 3´；

（4）用DNAStar中的SeqMan软件对双向测序后的序列进行拼接；

用ClustalX2软件对拼接后的序列进行比对；

用DnaSP5软件统计cpDNA单倍型，计算种群的核苷酸多态性和单倍型多态性，并根据岐点分布图追溯种群历史动态变化；

用Arlequin ver3.5软件进行分子方差AMOVA分析，计算种群内和种群间的遗传变异；