[发明专利]一种基于二代测序技术检测BRCA1和BRCA2突变的方法及试剂盒

权利要求书

1.一种基于二代测序技术判断BRCA1和BRCA2突变的非诊断目的的生信学分析方法，其特征在于，其是通过计算同源重组修复基因致病点突变及插入缺失突变、同源重组修复基因双等位基因致病突变负荷、同源重组修复基因突变特征、同源重组修复基因拷贝数变异、同源重组修复基因拷贝数负荷、基因组结构变异中的一个或者多个的综合值来判断患者是否存在同源重组功能缺失，其具体包括如下步骤：

a）同源重组基因SNV以及indel的识别：使用Mutect2软件对得到的肿瘤样本以及正常样本二代测序gene-panel比对结果进行分析，识别肿瘤样本中的体细胞突变以及胚系突变，使用annovar软件对Mutect2识别出来的体细胞突变以及胚系突变进行注释；

b）同源重组基因拷贝数变异检测：使用cnvkit软件对得到的肿瘤样本以及正常样本二代测序gene-panel比对结果进行分析，得到每个基因的拷贝数值，判定标准为：高于一定阈值的基因为扩增，低于一定阈值的基因为缺失；

c）突变特征分数计算：对于得到的SNV的过滤结果使用sigma软件计算得到同源重组相关的突变特征打分；

d）双等位基因致病突变负荷计算：对于得到的SNV以及INDEL的注释结果进行判断，对满足条件的同源重组修复基因进行计数得到双等位基因致病突变负荷

e）同源重组基因拷贝数负荷计算：对于得到的拷贝数变化的基因的拷贝数进行判断，对于拷贝数大于基线样本平均拷贝数与三倍标准差之和或小于基线样本平均拷贝数与三倍标准差之差的基因进行计数，得到拷贝数负荷。

2.根据权利要求1所述的一种基于二代测序技术判断BRCA1和BRCA2突变的非诊断目的的生信学分析方法，其特征在于，步骤a）中满足以下标准的即为致病突变：

覆盖到突变位点上的序列个数大于200条；

突变的频率大于5%；

Clinvar中记为致病突变，或突变类型为fs、truncate、splice；

所述步骤d）中双等位基因致病突变的具体判定标准如下：

野生型的等位基因上发生了LOH并伴随一个致病的胚系突变；

同时发生致病的胚系突变以及致病的体细胞突变；

野生型的等位基因上发生了LOH并伴随一个致病的体细胞突变；

两个不同的致病的体细胞突变。