[发明专利]一种检测体内RNA与DNA及蛋白互作的试剂盒及其使用方法

说明书

本发明公开了一种检测体内RNA、DNA、蛋白三者互作的试剂盒及其使用方法，包括末端脱氧核糖核苷酸转移酶，生物素标记的dCTP，阳性探针及阴性探针，细胞裂解液，链霉亲和素磁珠，杂交液，洗液，蛋白酶K及其缓冲液，无RNA酶水，DNA洗脱液，蛋白洗脱液。本发明利用生物素标记的DNA探针抓取特异RNA，并随之获取与RNA互作的蛋白与DNA。首先用交联剂将体内互作的RNA、DNA和蛋白交联在一起，再利用与RNA序列互补且标记生物素的DNA探针与交联后的裂解液孵育，之后用链霉亲和素磁珠捕获RNA、DNA、蛋白互作复合物，最后分别洗脱RNA、蛋白以及DNA。

技术领域

本发明涉及分子生物领域，尤其涉及一种检测体内RNA与DNA及蛋白互作的试剂盒及其使用方法

背景内容

非编码RNA参与细胞增值、迁移，EMT转化，干细胞分化，细胞凋亡等众多细胞进程的调控，是生物体重要的调控因子。非编码RNA主要包括lncRNA、circRNA、microRNA、eRNA等，这些RNA在胞质中的功能已研究的非常深入。近年来，研究表明，大量非编码RNA，尤其是lncRNA和eRNA，通过参与表观遗传过程来调控细胞进程。

表观遗传指的是在DNA序列不改变的情况下基因表达发生可遗传变化。主要包括DNA甲基化，甲基化、乙酰化等组蛋白修饰以及染色质重构等。在真核生物中，被研究的最清楚的表观调控过程是干细胞分化过程。该过程通过转录因子调控Nanog、Sox2、Oct2三大核心调控因子，进而招募激活复合物或抑制复合物，从而激活或抑制干性相关基因，从而调控干细胞的分化。许多研究表明，这一调控机制也适用于癌症等多种疾病的研究。近年来。非编码RNA作为一种新兴的表观遗传调控分子，被大量研究。研究结果表明，非编码RNA可以直接缠绕在转录因子上或作为支架调控转录因子，从而调控组蛋白与相关沉默或激活复合物，进而调控基因的转录。

非编码RNA与DNA、蛋白的互作是研究RNA参与表观调控的关键。已往的技术是将三者的互作两两分开，先通过RIP或RNA pull down研究RNA与蛋白互作情况，再通过ChIP研究DNA与蛋白互作，最后进行生物统计比较，找到三者互作的蛋白。这种方法既不能统一实验条件，也不能直观的证明三者者的互作，只能通过实验实验推断互作，具有很高的假阳性。很多实验没有阳性对照和阴性对照去评估实验的准确性，实验的可重复性差。

发明内容

为了克服现有技术的缺陷，本发明的在于克服现有技术的不足，提供一种特异性好、经济、完整的简便检测RNA与DNA及蛋白互作的试剂盒及其使用方法。

本发明的目的通过以下技术方案予以实现：

一种检测体内RNA、DNA、蛋白三者联合互作的试剂盒及其使用方法，包括末端脱氧核糖核苷酸转移酶，生物素标记的dUTP，阳性探针及阴性探针，细胞裂解液，链霉亲和素磁珠，杂交液，洗液，蛋白酶K及其缓冲液，无RNA酶水，DNA洗脱液，蛋白洗脱液。本发明利用生物素标记的DNA探针抓取特异RNA，并随之获取与RNA互作的蛋白与DNA。首先用交联剂将体内互作的RNA、DNA和蛋白交联在一起，再利用与RNA序列互补且标记生物素的DNA探针与交联后的裂解液孵育，之后用链霉亲和素磁珠捕获RNA、DNA、蛋白互作复合物，最后分别洗脱RNA、蛋白以及DNA。

进一步地，所述检测RNA与DNA及蛋白互作的试剂盒，其特征在于，所述的阳性探针为TERC探针，阴性探针为LacZ探针，探针序列如下：

(1)TERC探针1的核苷酸序列:5’-CAGGCCCACCCTCCGCAACC-3’

(2)TERC探针2的核苷酸序列:5’-GCAAAAGCACGGCGCCTACG-3’

(3)TERC探针3的核苷酸序列:5’-CTCTAGAATGAACGGTGGAA-3’

(4)TERC探针4的核苷酸序列:5’-GCCTCCAGGCGGGGTTCGGG-3’