[发明专利]黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用

说明书

本发明公开了一种黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用：以黄牛全基因组DNA为模板，使用特异性引物扩增MOGAT1基因部分片段，使用限制性内切酶TaqⅠ消化PCR产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛MOGAT1基因突变位点g.25940TC的基因型；本发明利用PCR‑RFLP法进行DNA水平的分型检测，发现了与黄牛体重等生长性状密切相关的SNP标记，可以用于生长性状的标记辅助选择，快速建立遗传资源优良的黄牛专门化肉用种群。

技术领域

本发明属于分子遗传育种领域，涉及黄牛MOGAT1基因突变位点g.25940TC的单核苷酸多态性(SNP)的检测方法。

背景技术

当前已有多种分子标记得到了大量使用，包括单核苷酸多态性(SNP)等。SNP技术具有以下几个优点：(1)SNP数量巨大，在全基因组上都有分布；(2)SNP的遗传具有稳定性，发生突变的概率低，这也使SNP具有在分子标记辅助选择方面的研究意义和应用价值；(3)大多数SNP属于二等位基因，利于大规模确定群体中个体的基因型。

PCR-RFLP是在SNPs检测中较为常用的一种方法。此方法的原理是利用限制性内切酶的酶切位点的特异性，作用于同一DNA片段，然后对酶切后的产物进行核酸电泳检测，以判断是否为SNP位点以及碱基替换的类型(石磊等2007)。

单酰基甘油-O-酰基转移酶1(MOGAT1)属于高等生物单酰甘油酰基转移酶(MGAT)家族成员之一。MOGAT1在体外具有MOGAT活性，但其在三酰甘油(Tag)代谢中的生理功能尚不清楚，研究表明，MOGAT1对肝脏中三酰甘油的合成起到的作用很小，下调MOGAT1可改善糖代谢和肝脏胰岛素信号转导(Agarwal A K 2016)。MOGAT1基因mRNA在动物脂肪组织、胃、肾脏中均有表达，而在小肠中无表达。MOGAT2基因和MOGAT3基因在肠道中均有高表达，可能通过从脂肪酸和单酰甘油中重新合成甘油三酯，在肠道膳食脂肪吸收中发挥重要作用。而体外实验表明MOGAT3也具有显著的DGAT(二酯酰甘油酰基转移酶)活性。初期、持续性解除MOGAT1的调控可能与有利于MOGAT1表达的组蛋白修饰相关(Marta et al.2018.)。目前关于黄牛MOGAT1基因SNP及其对生长性状的影响尚未见报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种黄牛MOGAT1基因SNP标记辅助选择生长性状的方法及应用，从而加快良种选育速度。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测黄牛MOGAT1基因单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤：

以黄牛(秦川牛、夏南牛、皮南牛和云岭牛四个品种)个体全基因组DNA为模板，以特异性引物对P1为引物，通过PCR扩增黄牛个体MOGAT1基因部分片段；用限制性内切酶TaqⅠ酶切PCR扩增产物，对酶切后的片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据琼脂糖凝胶电泳结果鉴定黄牛个体MOGAT1基因第25940位单核苷酸多态性位点的基因型；

所述引物对P1为：

上游引物F：5′-TCAATGTATGTGGGCATGTTTGA-3′；

下游引物R：5′-TTAAATGCAACTGTTCTGGGTGG-3′。

优选的，所述PCR的扩增反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，59.1℃退火40s，72℃延伸30s，共36个循环；72℃延伸10min。

优选的，所述琼脂糖凝胶电泳采用质量浓度为2.0％的琼脂糖凝胶。

优选的，根据MOGAT1基因第25940位的单核苷酸多态性，TT基因型表现为461bp的一个条带；CC基因型表现为260和201bp的两个条带；TC基因型表现为461、201和260bp的三个条带。