[发明专利]一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法

说明书

本发明公开了一种基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法，包括S1.提取待测样品DNA；S2.针对所选取的STR位点设计多重PCR引物并建立关于DNB环化中STR序列交叉互连的评估体系；S3.以步骤S1待测样本DNA为模板，利用步骤S2设计的多重PCR引物进行第一轮PCR扩增反应；S4.将第一轮PCR产物纯化，进行第二轮PCR扩增引入高通量Index；S5.将第二轮PCR扩增回收、纯化；S6.PCR产物进行DNB测序。本发明提供了通过一套适用于DNB测序和环化的STR序列交叉互连一整套评估体系，成功建立了基于多重PCR技术和DNB技术的STR分型方法。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，更具体地，涉及一种基于多重PCR技术和DNB 技术的STR分型方法。

背景技术

短片段重复序列(short tandem repeat，STR)分型技术是目前国内外法医学进行个体识别和亲子鉴定的主要手段，具有简单快速、结果可靠、灵敏度高、重复性好的特点。常染色体STR、Y-STR和X-STR等多种遗传标记的联用对于二联体亲缘鉴定及更复杂的亲缘鉴定具有独特的应用价值。

当前法医STR分型检测方法主要为PCR-毛细管电泳法。该方法的主要原理为：①提取DNA，使用磁珠、酚/氯仿、Chelex等方法提取出纯度高、完整性好、浓度适当的DNA样品；②进行PCR扩增，PCR(聚合酶链式反应)技术是以待扩增的两条DNA链为模板，在一对人工合成的寡核苷酸引物的介导下，通过耐高温DNA聚合酶的酶促作用，快速特异地扩增出目的DNA片段；③毛细管电泳，是以Sanger酶法为原理，采用耐热DNA聚合酶参照待测模板生成一系列链终止片段。在此过程中，以4种不同的荧光染料标记反应产物，并将反应产物经过毛细管电泳分离，采用固定的激光光源对荧光信号进行激发，通过CCD(电荷耦合器件)检测收集数据，计算机分析处理得到序列信息的过程。④确定样品的STR分型。电泳后对荧光颜色不同的DNA片段的峰进行长度检测，将DNA 片段与内标进行比较确定其长度，并对应不同的颜色，最后与以同样方式确定的等位基因Ladder进行比较，得到样品的STR分型。目前基于传统的PCR-毛细管电泳的STR技术主要缺点为，一是同时检测的法医位点少，通量低，虽然多色荧光系统的升级推动了一次性检测位点数的增加，但是目前仍然难以超过60 个，与此同时法医学需求检测的常染色体 STR、YSTR和XSTR的数目逐年增加。二是获得序列信息的完整性有限。基于一代CE技术的传统STR分型法，只能获得扩增子的相对长度信息，无法获得STR重复区和侧翼区的完整碱基序列，未能充分考虑序列可能存在的变异及对测序结果的影响，限制了法医DNA检测的应用场景。