[发明专利]用于普通小麦常规种品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合以及鉴定方法

权利要求书

1.鉴定小麦常规品种纯度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)提取待测小麦品种种子样本的DNA；

(2)以步骤(1)中的DNA为模板，加入用于检测小麦常规品种纯度鉴定的SNP位点组合的特异性引物组合和PCR预混液，进行PCR扩增，检测PCR扩增产物的荧光信号，根据荧光信号的颜色获得待测小麦品种在所述PCR扩增产物的特异性引物所对应的SNP位点的基因型；

(3)品种纯度计算，统计分析步骤(2)获得的待测样品个体在所述SNP位点的基因型，鉴别非典型个体，根据非典型个体数目和检测试样总数计算品种纯度；

其中，判断每个SNP位点是否为非纯合位点，将非纯合SNP位点排除后，若某一待测小麦个体基因型在2个及以上SNP位点上不同于其他多数待测个体，则判定所述待测小麦个体为非典型个体；

当某个位点在待测样品群体中具有两种来自双亲的等位变异，且随机分布在不同待测小麦个体中时，则判定该位点为非纯合SNP位点，

其中，所述小麦常规品种纯度鉴定的SNP位点组合由以下24个SNP位点组成：

SNP位点WSNP01位于小麦的1A染色体，SNP物理位置为27215962，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP02位于小麦的1B染色体，SNP物理位置为340381039，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP03位于小麦的1D染色体，SNP物理位置为427323196，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP04位于小麦的2A染色体，SNP物理位置为174150002，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP05位于小麦的2B染色体，SNP物理位置为773821814，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP06位于小麦的2D染色体，SNP物理位置为28783896，等位基因型为T/C ；

SNP位点WSNP07位于小麦的3A染色体，SNP物理位置为25908324，等位基因型为A/G ；

SNP位点WSNP08位于小麦的3B染色体，SNP物理位置为627720241，等位基因型为A/G ；

SNP位点WSNP09位于小麦的3D染色体，SNP物理位置为537495536，等位基因型为T/G ；

SNP位点WSNP10位于小麦的4A染色体，SNP物理位置为532224647，等位基因为A/G；

SNP位点WSNP11位于小麦的4B染色体，SNP物理位置为636757506，等位基因型为C/G；

SNP位点WSNP12位于小麦的4D染色体，SNP物理位置为11870112，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP13位于小麦的5A染色体，SNP物理位置为448113730，等位基因型为A/C；

SNP位点WSNP14位于小麦的5B染色体，SNP物理位置为6594624，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP15位于小麦的5B染色体，SNP物理位置为281675472，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP16位于小麦的5D染色体，SNP物理位置为82481988，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP17位于小麦的6A染色体，SNP物理位置为457660545，等位基因型为A/C；

SNP位点WSNP18位于小麦的6B染色体，SNP物理位置为439018758，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP19位于小麦的6B染色体，SNP物理位置为630873069，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP20位于小麦的6D染色体，SNP物理位置为471905419，等位基因型为A/G；

SNP位点WSNP21位于小麦的7A染色体，SNP物理位置为707833467，等位基因型为A/C；

SNP位点WSNP22位于小麦的7B染色体，SNP物理位置为721402941，等位基因型为A/C；

SNP位点WSNP23位于小麦的7D染色体，SNP物理位置为411596748，等位基因型为T/C；

SNP位点WSNP24位于小麦的7D染色体，SNP物理位置为508179540，等位基因型为T/C；

WSNP01〜WSNP24 SNP位点的物理位置是基于小麦中国春的全基因组序列而确定的，所述小麦中国春的全基因组序列版本为IWGSC RefSeq v1.0；

所述特异性引物组合由上述24个SNP位点的检测引物组成，检测各SNP位点的特异性引物的由两条正向引物和一条反向引物组成，其序列为：

WSNP01的正向引物1的序列为：5’GGAGAACAAAGCAGAAAAGCTGCAA 3’，

WSNP01的正向引物2的序列为：5’GAGAACAAAGCAGAAAAGCTGCAG 3’，

WSNP01的反向引物的序列为:5’GTGAACATTCAGGATATTTGTGCTGCATA 3’；

WSNP02的正向引物1的序列为：5’GGCAACTCTAACAAACACACTCC 3’，

WSNP02的正向引物2的序列为：5’AGGGCAACTCTAACAAACACACTCT 3’，

WSNP02的反向引物的序列为：5’GACGAACTCGGCGGGACCATTT 3’；

WSNP03的正向引物1的序列为：5’AACACATTCAGAGAATATGACTAGGG 3’，

WSNP03的正向引物2的序列为5’ATAACACATTCAGAGAATATGACTAGGA 3’，

WSNP03的反向引物的序列为：5’GCCTGAGCGGGCGTTTGGTAA 3’；

WSNP04的正向引物1的序列为：5’CCTCCCTCCCGACCTCTG 3’，

WSNP04的正向引物2的序列为：5’CCCTCCCTCCCGACCTCTA 3’，

WSNP04的反向引物的序列为：5’CTAGTTGGGCCGAGGCAGTTGAA 3’；

WSNP05的正向引物1的序列为：5’AGTTGAAAACACCGAACCAGCGA 3’，

WSNP05的正向引物2的序列为：5’GTTGAAAACACCGAACCAGCGG 3’，

WSNP05的反向引物的序列为：5’GGTGAGAGCAAGGATCCCAATCTAT 3’；

WSNP06的正向引物1的序列为：5’CATGAGATCCTAAATCAGAGTCGCA 3’，

WSNP06的正向引物2的序列为：5’ATGAGATCCTAAATCAGAGTCGCG 3’，

WSNP06的反向引物的序列为5’GGTCAAGTTTTCTGGACCCCATAATTATT 3’；

WSNP07的正向引物1的序列为5’CGATTGAATCTCAAGCGAACAAACG 3’，

WSNP07的正向引物2的序列为5’GCGATTGAATCTCAAGCGAACAAACA 3’，

WSNP07的反向引物的序列为：5’TGTAGACATCTAGCAACCCCCTGAA 3’；

WSNP08的正向引物1的序列为：5’GGTAAGCTTTGCCTAGCTTTCCTAT 3’，

WSNP08的正向引物2的序列为：5’GTAAGCTTTGCCTAGCTTTCCTAC 3’，

WSNP08的反向引物的序列为5’GTTTGTCCAACTAAGATAGAGTATGGGAA 3’；

WSNP09的正向引物1的序列为：5’GTAAGGGACACACCTCCATCCAT 3’，

WSNP09的正向引物2的序列为5’AAGGGACACACCTCCATCCAG 3’，

WSNP09的反向引物的序列为5’ATAGCTAGATTGTCATCTGGCCAAACAAA 3’；

WSNP10的正向引物1的序列为：5’GATAACAGCGTTTTCCTGACGAGA 3’，

WSNP10的正向引物2的序列为：5’ATAACAGCGTTTTCCTGACGAGG 3’，

WSNP10的反向引物的序列为：5’CCATCCCCAACCATAGGACCGAT 3’；

WSNP11的正向引物1的序列为：5’AGATTCCTGGAGCTGCGTTTGC 3’，

WSNP11的正向引物2的序列为：5’AGATTCCTGGAGCTGCGTTTGG 3’，

WSNP11的反向引物的序列为：5’AGTTGAATTTGGCGGACGTGAGGTT 3’；

WSNP12的正向引物1的序列为：5’CACAGGGATACCGAAACATGGA 3’，

WSNP12的正向引物2的序列为：5’CACAGGGATACCGAAACATGGG 3’，

WSNP12的反向引物的序列为：5’TTGTTACCGATTTTGTTCTCTTTTGTCGTT 3’；

WSNP13的正向引物1的序列为：5’GGAGATCTGCTAGAGACGCCT 3’，

WSNP13的正向引物2的序列为：5’GGAGATCTGCTAGAGACGCCG 3’，

WSNP13的反向引物的序列为：5’GGATGCCATGCCATGAGTTAGTGTT 3’；

WSNP14的正向引物1的序列为：5’GCGTTCGAATTAAGGAGAGAATCAG 3’，

WSNP14的正向引物2的序列为：5’GGCGTTCGAATTAAGGAGAGAATCAA 3’，

WSNP14的反向引物的序列为：5’CAGTGTCGTAGGCTGGTCGCTT 3’；

WSNP15的正向引物1的序列为：5’CAATCATATTGTTTTGGCGAGGAGC 3’，

WSNP15的正向引物2的序列为：5’AACAATCATATTGTTTTGGCGAGGAGT 3’，

WSNP15的反向引物的序列为：5’CAGAGCTGAACCCCACTGGTGTA 3’；

WSNP16的正向引物1的序列为：5’AGGCTGAGCAAGAGTTCTTCTG 3’，

WSNP16的正向引物2的序列为：5’GTAGGCTGAGCAAGAGTTCTTCTA 3’，

WSNP16的反向引物的序列为：5’TATTCTTCTGCTCGACGTCGCACTT 3’；

WSNP17的正向引物1的序列为：5’CCTTCCTCTCCGTGATCGTCAT 3’，

WSNP17的正向引物2的序列为：5’CTTCCTCTCCGTGATCGTCAG 3’，

WSNP17的反向引物的序列为：5’GGTTTGCCGGCTAGACCACGTA 3’；

WSNP18的正向引物1的序列为：5’GAACAAATTAGAGATGCTATTAAGTGGG 3’，

WSNP18的正向引物2的序列为：5’GAACAAATTAGAGATGCTATTAAGTGGA 3’，

WSNP18的反向引物的序列为：5’CCAAGTTATCGTGGCGTACAAGACAT 3’；

WSNP19的正向引物1的序列为：5’CATCTCTTCACGGTACATCAACTCAT 3’，

WSNP19的正向引物2的序列为：5’ATCTCTTCACGGTACATCAACTCAC 3’，

WSNP19的反向引物的序列为：5’GTGGCCATCCGACAGAAAAAGTATTAATT 3’；

WSNP20的正向引物1的序列为：5’ATGGGCCTGTTGAACTAGCCAC 3’，

WSNP20的正向引物2的序列为：5’CATGGGCCTGTTGAACTAGCCAT 3’，

WSNP20的反向引物的序列为：5’GGAGTAAATCGCATAGAACCACCATAAAT 3’；

WSNP21的正向引物1的序列为：5’CGCACGGGACTCTGTCCACA 3’，

WSNP21的正向引物2的序列为：5’GCACGGGACTCTGTCCACC 3’，

WSNP21的反向引物的序列为：5’GGACTGTCTAGTTGTTGCAATCGCAT 3’；

WSNP22的正向引物1的序列为：5’GCCAAAAGCCCAACACAGAGGA 3’，

WSNP22的正向引物2的序列为：5’CCAAAAGCCCAACACAGAGGC 3’，

WSNP22的反向引物的序列为：5’GCTTCAAGCTGTGGATCGCTATCTA 3’；

WSNP23的正向引物1的序列为：5’CAGGGAAAGATCATTAACGTCAACC 3’，

WSNP23的正向引物2的序列为：5’GCAGGGAAAGATCATTAACGTCAACT 3’，

WSNP23的反向引物的序列为：5’GTCCCGACTTCGAATTAATGAAGCCAT 3’；

WSNP24的正向引物1的序列为：5’AGGGAATTCTTCTACTTTTCTAAACCG 3’，

WSNP24的正向引物2的序列为：5’TAGGGAATTCTTCTACTTTTCTAAACCA 3’，

WSNP24的反向引物的序列为：5’GTTCAGTGTTGGGTCCGTCTGTAAA 3’。