[发明专利]用于普通小麦常规种品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合以及鉴定方法

说明书

本发明涉及品种纯度鉴定领域，具体涉及用于小麦常规品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合以及鉴定方法。确定了包含WSNP01～WSNP24的SNP位点组合。基于所述特异性SNP位点组合，可实现对小麦常规品种纯度的高通量检测，具有准确性高、稳定性好、成本低、操作简单、方便快速等优点，应用前景十分广阔。

技术领域

本发明涉及品种纯度鉴定领域，具体涉及用于普通小麦常规种品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合以及鉴定方法。

背景技术

小麦是我国重要的粮食作物之一，小麦种子质量优劣直接关系到农民的切身利益和国家粮食安全,在种子生产、加工、贮藏、销售等各环节进行种子质量监控，对确保我国粮食安全、保护育种家和农民的切身经济利益具有重要的社会和经济意义。近年来，随着我国种植业粮食结构的调整和市场经济的发展，小麦精播用种量显著降低，生产上对种子质量和品种纯度提出了更高的要求。品种纯度是衡量种子质量的重要指标之一，目前有关国家标准所规定的鉴定方法为形态鉴定法、苯酚染色法、氢氧化钠测定法、醇溶蛋白法以及田间小区种植鉴定法。形态鉴定法、苯酚染色法、氢氧化钠测定法和醇溶蛋白法等具有速度快、费用低、操作简单等优点，但区分能力非常有限，降低了鉴定结果的准确性。田间种植鉴定占地面积大，费时费工，易受环境因素的影响，难以区别表型相近的个体。综上所述，以上方法均已不能满足准确和快速鉴定的需要，给种子质量监管带来了巨大的困难。

随着分子生物学的发展，以SSR和SNP标记为代表的DNA指纹检测技术因具备共显性、高多态性、在基因组上均匀分布、高准确性、较好的重复性、较高通量、易实现自动化等优点，可快速准确地鉴别非典型个体，实现种子质量准确有效的监管。这两种标记已相继被国际植物新品种保护联盟(UPOV)、国际种子联盟(ISF) 和国际种子检验协会(ISTA)推荐作为作物品种鉴定和指纹数据库构建的优选标记。目前SSR标记法在品种鉴定中的研究与应用已基本趋向成熟，但其具有不易实现数据整合和通量低等缺陷。SNP标记为二等位基因，数据统计简单，同时，国内外大公司相继推出了各种SNP高通量检测平台，能很好地弥补SNP标记的技术缺陷。现阶段高通量SNP检测方法主要有DNA芯片、定点测序和竞争性等位基因特异性PCR (Kompetitive Allele Specific PCR，KASP)技术等。芯片技术为位点高通量检测技术，成本较高，适于少量样本大量位点的检测；定点测序技术成本高、检测时间长、适于大量样品指纹数据库构建；KASP技术为样本高通量检测技术，可对SNPs进行精准的双等位基因判断，具有高通量、高质量、准确、低成本、操作简单、灵活等优点，适于大量样本少量位点的检测，尤其适合品种纯度检测技术的要求。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明的目的是提供一组基于KASP技术开发的用于普通小麦常规种品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合，基于所述特异性SNP位点组合，可实现对小麦常规种品种纯度的高通量SNP检测。

本发明的再一目的是提供小麦常规种品种纯度鉴定方法。

本发明的用于小麦常规种品种纯度鉴定的特异性SNP位点组合包括小麦基因组的24个SNP位点，编号为所述位点的具体信息如表1所示。

表1.用于小麦常规种纯度鉴定的专用SNP位点

所述SNP位点的物理位置及其侧翼序列是基于小麦中国春的全基因组序列而确定的，所述小麦中国春的全基因组序列版本为IWGSC RefSeq v1.0。

本发明的特异性SNP位点组合中的各个SNP位点分布于小麦基因组的21条染色体上，每条染色体上SNP位点数目为1～2个，共24个SNP位点。基于这套专用 SNP位点组合，可实现对小麦常规种品种纯度的高通量SNP分型检测，准确性高、重复稳定性好、效率高、方便快速。

本发明还提供用于扩增所述特异性SNP位点的引物组合，包括上述24个SNP 位点的引物组，编号为所述引物组合分别用于检测对应的SNP位点组合