[发明专利]检测人CCDC6-RET融合基因的探针、试剂、试剂盒、检测方法及应用

权利要求书

1.检测人CCDC6-RET融合基因的探针，其特征在于，包括检测CCDC6基因的探针A和检测RET基因的探针B。

2.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，所述探针A检测CCDC6基因1号外显子，和/或所述探针B检测RET基因12号外显子。

3.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，所述探针A和探针B均包括三个区域：(1)5’端同源区，与目的基因的5’端序列互补结合；(2)3’端同源区，与目的基因的3’端序列互补结合；(3)环化区，与荧光探针互补结合，环化区位于5’端同源区和3’端同源区之间；

所述探针A中：3’同源区的碱基数量为14-18nt，GC含量为60-75％；5’同源区的碱基数量为11-15nt，GC含量为60-75％；3’同源区的Tm值比5’同源区的Tm值高3-15℃，且5`端Tm值高于45℃；和/或

所述探针B中：3’同源区的碱基数量为20-24nt，GC含量为47.8-55％；5’同源区的碱基数量为12-15nt，GC含量为60-75％；3’同源区的Tm值比5’同源区的Tm值高-3-15℃，且5`端Tm值高于45℃。

4.根据权利要求3所述的探针，其特征在于，所述探针A中：3’同源区的Tm值为58-62℃(优选60.3℃)，5’同源区的Tm值为46-50℃(优选47.1℃)；

优选地，所述探针A的3’同源区的Tm值比5’同源区的Tm值高12-14℃；

优选地，所述探针B中：3’同源区的Tm值为62-65℃(优选63.6℃)，5’同源区的Tm值为52-54℃(优选53.1℃)；

优选地，所述探针B的3’同源区的Tm值比5’同源区的Tm值高9-11℃；

优选地，所述探针A和/或探针B的碱基数量为80-90nt；更优选地，所述探针A和/或探针B的环化区的碱基数量为40-55nt。

5.根据权利要求3所述的探针，其特征在于，所述探针A的5’端同源区的核苷酸序列包含或由如下序列组成：

1)SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；或，

2)SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的互补序列或同源序列(优选具有90％相似性)；

3)SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列添加、缺失、替换一个或多个(例如1-3个)碱基且能与目的基因互补结合的核苷酸序列；和/或

所述探针A的3’端同源区的核苷酸序列包含或由如下序列组成：

1)SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列；或，

2)SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列的互补序列或同源序列(优选具有90％相似性)；

3)SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列添加、缺失、替换一个或多个(例如1-5个)碱基且能与目的基因互补结合的核苷酸序列。

6.根据权利要求3所述的探针，其特征在于，所述探针B的5’端同源区的核苷酸序列包含或由如下序列组成：

1)SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列；或，

2)SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列的互补序列或同源序列(优选具有90％相似性)；

3)SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列添加、缺失、替换一个或多个(例如1-3个)碱基且能与目的基因互补结合的核苷酸序列；和/或

所述探针B的3’端同源区的核苷酸序列包含或由如下序列组成：

1)SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列；或，

2)SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列的互补序列或同源序列(优选具有90％相似性)；

3)SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列添加、缺失、替换一个或多个(例如1-5个)碱基且能与目的基因互补结合的核苷酸序列。