[发明专利]检测人CCDC6-RET融合基因的探针、试剂、试剂盒、检测方法及应用

说明书

本发明提供了一种检测人CCDC6‑RET融合基因的探针、试剂、试剂盒、检测方法及应用，涉及分子生物学和肿瘤学技术领域。检测人CCDC6‑RET融合基因的探针，包括检测CCDC6基因的探针A和检测RET基因的探针B，其中优选探针A检测CCDC6基因1号外显子，和/或所述探针B检测RET基因12号外显子。通过采用所述探针A和探针B组合使用对人CCDC6‑RET融合基因进行原位检测，可直接通过判断两种探针的荧光位点是否靠近来肉眼观察细胞或者临床组织样本中目标基因在细胞核内的定位和拷贝数。

技术领域

本发明涉及分子生物学和肿瘤学技术领域，具体涉及检测人CCDC6-RET融合基因的探针、试剂、试剂盒、检测方法及应用。

背景技术

近年来，随着分子病理诊断的快速发展。恶性肿瘤的诊断和治疗都有了很明显的进步。恶性肿瘤的发生发展往往是由于抑癌基因的失活和原癌基因的激活共同导致的。RET(全名RET proto-oncogene)基因是一种原癌基因，位于10号染色体的长臂上，全长80kb左右(含21个外显子)，它所编码表达的蛋白过渡激活被认为是许多恶性肿瘤的驱动性因素。RET基因在癌细胞内有多种变异方式，从点突变到扩增再到重排。CCDC6(全名：coiled-coildomain containing 6)基因编码一种含卷曲螺旋结构域(coiled-coil domain)的蛋白，并被认为可能是一种抑癌基因，它位于10号染色体长臂，全长117kb左右(含9个外显子)。研究发现，CCDC6-RET融合基因表达的产物(部分CCDC6基因和RET激酶结构域的基因)是乳头状甲状腺癌发生的原因。根据COSMIC的数据库，进行过融合基因表达测试的乳头状甲状腺癌患者样本中，有约12％呈阳性。

传统的检测方法需要从肿瘤组织提取RNA，进行逆转录，再进行PCR产物测序或者二代高通量测序，以此确定CCDC6-RET融合基因表达产物的存在，该检测方法步骤繁琐，耗时较长，且无法在细胞核内对目标基因进行定位。而采用原位检测(原位检测是指保持DNA在细胞核内天然的状态进行检测)，如采用细胞核内定位的方法则更加简单方便和易于观察。目前细胞核内定位CCDC6-RET融合基因的方法没有传统的FISH技术(因为并不清楚它在基因组上具体的融合序列，从而无法进行FISH探针的设计)。目前也未见报道有关人CCDC6-RET融合基因的其他类型细胞核内定位的方法。

发明内容

有鉴于此，本发明致力于提供检测人CCDC6-RET融合基因的探针，以直接在细胞核内定位的方式，肉眼观察判断细胞样本中CCDC6基因是否与RET基因发生融和，以此诊断癌症预后和靶向用药等。

本发明一方面提供了检测人CCDC6-RET融合基因的探针，包括检测CCDC6基因的探针A和检测RET基因的探针B。

RET基因在许多肿瘤细胞中，会发生异位，进而导致基因的融合，能够表达出原本人体内并不存在的融合蛋白，导致癌细胞的恶性增殖和癌症的发展。其中RET基因与CCDC6基因发生融合较为常见，根据人类基因组测序的结果显示，CCDC6基因和RET基因均位于人的10号染色体长臂，两者之间相差17,925,554bp，17.9mb，17925kb，因此它们在细胞核内的空间定位是分散开的。在正常情况下(即CCDC6基因和RET基因不发生融合)，检测两种基因的探针A和探针B与各自的荧光结合探针结合后会显示出分散的荧光点，即两种荧光点不会聚集或靠近。只有CCDC6基因和RET基因融合时，两种荧光点才会聚集或靠近。

需要说明的是，对于探针A检测CCDC6基因中哪段序列不作具体限定，对于探针B检测RET基因中哪段序列也不作具体限定。可以根据CCDC6-RET融合基因的具体融合位点进行探针的设计和序列选择。

进一步，在本发明提供的技术方案的基础上，所述探针A检测CCDC6基因1号外显子，和/或所述探针B检测RET基因12号外显子。