[发明专利]一种与单纯性先天性心脏病相关的SNP标志物及其应用

说明书

本发明提供了一种可用于先天性心脏病易感者筛选的基因标志物，即DNMT3A基因的rs1550117位点。通过检测样本DNMT3A基因的rs1550117位点中的GG、AG、AA基因型，从而判断样本是否与先心病易感性相关，其中，rs1550117位点的AA基因型患单纯性先天性心脏病的风险显著高于该位点其他基因型患单纯性先天性心脏病的风险。本发明进一步提供了可以用于检测DNMT3A基因的rs1550117位点多态性的特异性扩增引物。本发明提供了一种新的先天性心脏病易感者的方法，具有较高的准确性，为先天性心脏病的诊断提供更客观准确的依据，有利于我国先天性心脏病高危人群的早期筛查、及早治疗和预防。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种与单纯性先天性心脏病相关的SNP标志物。

背景技术

先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)，简称先心病，是指出生时即存在的心脏、血管结构和功能上的异常。其临床后果极为严重，通常导致流产、死胎、死产、新生儿死亡，以及儿童、青少年和成人残疾。目前，先心病已占到主要出生缺陷疾病1/3，成为影响儿童身心健康及人口生存质量的重大公共卫生问题，给社会和家庭造成严重的经济和精神等方面的负担。

先心病中约有80-90％仅表现为心脏畸形，而不伴有其他系统的先天异常，称之为单纯性先天性心脏病。多年来研究已经证实它是一种多基因遗传病，主要是由于胚胎期遗传因素和环境因素共同作用导致心脏血管异常发育所引起的，遗传度55％～65％。目前研究认为，单纯性CHD不但涉及多种基因，而且与这些基因在不同时间和不同空间的先后表达和相互作用有关，其中任何基因表达的质或量的异常都可能影响心脏的发育。比如：基因组水平上转录因子NKX2-5、GATA4、TBX5、信号通路以及参与心脏发育的某些基因突变，单核苷酸多态性(SNP)、基因拷贝数变异(CNV)等基因多态性，表观遗传学方面包括DNA甲基化、MicroRNA、组蛋白修饰等，都可能与CHD的发生发展相关。

DNA甲基化作为表观遗传学上研究最深入的一种机制，与人类多种疾病的发生发展相关。目前研究表明，参与哺乳动物CpG岛DNA甲基化主要涉及三种DNA甲基化转移酶(DNAmethyltransferase,DNMT)：维持甲基化的DNA甲基转移酶(DNMT1)和从头甲基化的DNA甲基转移酶(DNMT3A、DNMT3B)。DNMT1是细胞中丰度最高的DNMT，主要负责细胞分裂之后基因组甲基化的维持，用于保持子代细胞与母细胞相同的特异性甲基化模式。DNMT3A和DNMT3B是从头甲基转移酶，这两个酶主要负责在生殖细胞、胚胎干细胞中以及胚胎发育时期DNA新的甲基化进程。

以往DNMTs基因多态性研究主要集中于肿瘤方面，未见先心病方面的研究报道。DNMTs基因的SNP研究涉及启动子区域的研究比较少，特别是DNMT1基因，而启动子区在基因的表达调控中发挥重要的作用。

影响基因表达水平一个重要的原因是基因多态性，它也是影响个体疾病易感性、表型和治疗反应性差异的重要因素，其中最重要和最常见的表现形式是SNP。目前有多篇文献报道DNMTs基因SNP位点与肿瘤、精神病、感染、生长发育等方面的疾病存在关联性，调控DNMTs基因的表达或翻译过程。不过，目前在单纯性先心脏病患儿中进行研究的DNMTs基因，只有DNMT1中的rs16999593、rs2228612、rs10420321、rs2288349四个位点，并且还是本实验室之前的工作内容，其他的、尤其是对基因表达有重要影响的启动子区域的SNP位点还没有报道。因此，研究DNMT1，DNMT3A、DNMT3B三个基因多态性与单纯性先心脏病的相关性，建立临床检测方法，总结河南人群DNMTs基因SNP信息，以寻求更有效、更特异性的分子诊断靶点或特异性的生物标志物，为预测或评估人群中生育先天性心脏病的潜在风险提供新的思路，对于最大限度地降低患儿的出生，提高我国人口综合素质有非常重要的意义。