[发明专利]一种去核糖体RNA测序文库的构建方法及试剂盒在审
申请号: | 202010989137.X | 申请日: | 2020-09-18 |
公开(公告)号: | CN112176031A | 公开(公告)日: | 2021-01-05 |
发明(设计)人: | 冯延叶;李艳玲;高伟;赖煦卉;孙大鹏 | 申请(专利权)人: | 上海英基生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06;C12N15/10 |
代理公司: | 湖北天领艾匹律师事务所 42252 | 代理人: | 杨建军 |
地址: | 201100 上海市*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 核糖体 rna 序文 构建 方法 试剂盒 | ||
1.一种去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1.将total RNA片段化,然后将rRNA与anti rRNA探针进行杂交,形成rRNA与单链DNA的杂交链;通过随机引物对未被杂交的RNA模板进行链特异性的逆转录形成1st cDNA,形成RNA与1st cDNA的杂交链;所述anti rRNA探针中间经dU修饰;
S2.分别将S1中的rRNA链和RNA模板置换成含dUTP的2nd cDNA,均形成双链cDNA;
S3.进行末端修复并在3’末端加A,两端连接高通量测序专用的接头;
S4.去除含dUTP的模板链,进行文库的PCR扩增,经磁珠纯化得到测序文库。
2.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA的两个末端进行封闭修饰。
3.根据权利要求2所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA的5’端封闭修饰为氨基修饰,Anti rRNA的3’端封闭修饰为C6 Spacer修饰、C3 Spacer修饰或氨基修饰加C6 Spacer修饰。
4.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA探针长度小于100bp。
5.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述TotalRNA通过Mg2+将RNA进行片段化,所述片段化反应包含Tris-HCl,KCl。
6.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述步骤S2中所述逆转录过程的反应体系包括逆转录酶、逆转录反应缓冲液、逆转录引物、放线菌素D。
7.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述步骤S4用UDG酶去除含dUTP的模板链。
8.一种去核糖体RNA建库试剂盒,其特征在于,包括权利要求1-7任意一项所述去核糖体RNA测序文库的构建方法中的探针。
9.根据权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括纯化磁珠,Index和RNA建库体系。
10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述纯化磁珠为Agencourt AMPure XPbeads;所述Index为ABclonal RK20351;所述RNA建库体系为ABclonal RK20301、ABclonaRK20304或ABclonal RK20353加ABclona RK20222。
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