[发明专利]一种去核糖体RNA测序文库的构建方法及试剂盒在审

专利信息
申请号: 202010989137.X 申请日: 2020-09-18
公开(公告)号: CN112176031A 公开(公告)日: 2021-01-05
发明(设计)人: 冯延叶;李艳玲;高伟;赖煦卉;孙大鹏 申请(专利权)人: 上海英基生物科技有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06;C12N15/10
代理公司: 湖北天领艾匹律师事务所 42252 代理人: 杨建军
地址: 201100 上海市*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 核糖体 rna 序文 构建 方法 试剂盒
【权利要求书】:

1.一种去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:

S1.将total RNA片段化,然后将rRNA与anti rRNA探针进行杂交,形成rRNA与单链DNA的杂交链;通过随机引物对未被杂交的RNA模板进行链特异性的逆转录形成1st cDNA,形成RNA与1st cDNA的杂交链;所述anti rRNA探针中间经dU修饰;

S2.分别将S1中的rRNA链和RNA模板置换成含dUTP的2nd cDNA,均形成双链cDNA;

S3.进行末端修复并在3’末端加A,两端连接高通量测序专用的接头;

S4.去除含dUTP的模板链,进行文库的PCR扩增,经磁珠纯化得到测序文库。

2.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA的两个末端进行封闭修饰。

3.根据权利要求2所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA的5’端封闭修饰为氨基修饰,Anti rRNA的3’端封闭修饰为C6 Spacer修饰、C3 Spacer修饰或氨基修饰加C6 Spacer修饰。

4.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述AntirRNA探针长度小于100bp。

5.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述TotalRNA通过Mg2+将RNA进行片段化,所述片段化反应包含Tris-HCl,KCl。

6.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述步骤S2中所述逆转录过程的反应体系包括逆转录酶、逆转录反应缓冲液、逆转录引物、放线菌素D。

7.根据权利要求1所述的去核糖体RNA测序文库的构建方法,其特征在于,所述步骤S4用UDG酶去除含dUTP的模板链。

8.一种去核糖体RNA建库试剂盒,其特征在于,包括权利要求1-7任意一项所述去核糖体RNA测序文库的构建方法中的探针。

9.根据权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括纯化磁珠,Index和RNA建库体系。

10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述纯化磁珠为Agencourt AMPure XPbeads;所述Index为ABclonal RK20351;所述RNA建库体系为ABclonal RK20301、ABclonaRK20304或ABclonal RK20353加ABclona RK20222。

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