[发明专利]一种用于从血浆中直接扩增艾滋病病毒基因组的核酸组合物及扩增测序方法

说明书

本发明公开了一种用于从血浆中直接扩增艾滋病病毒基因组的核酸组合物及扩增测序方法。本申请采用三段式扩增策略，分析并选取三个扩增目的片段，第一个扩增子是gag‑pol扩增子，第二个扩增子是pol‑env扩增子，第三个扩增子是env‑nef扩增子，针对上述三个扩增子通过设计和筛选引物，最终获得了艾滋病病毒近全长基因组。本发明的方法适用于HIV‑1B和BC毒株的近全长基因组扩增和测序，三扩增子策略的扩增效率达到65.6％，扩增后可获得75％的艾滋病病毒基因组序列，满足了我国HIV主要流行毒株的研究需求。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种用于从血浆中直接扩增艾滋病病毒基因组的核酸组合物及扩增测序方法。

背景技术

人免疫缺陷病毒(HIV)可感染人类免疫系统，最终导致免疫缺陷发生，是全球性的公共卫生问题。HIV病毒基因组测序对研究HIV病毒的流行及分子进化提供了有力的数据支持。

国际上已有的几种近全长HIV-1测序的RT-PCR方法可能仅限于某些流行株，HIV-1不同亚型的构成和不同遗传特性需要不同的全基因组制备方案，而现今没有针对中国特异流行毒株测序方法，这对中国HIV-1的研究带来了严峻挑战。同时，由于HIV病毒变异速率高，造成了全长扩增的困难，多数会借助质粒扩增的方法，方法繁琐，也很难测得HIV基因组全长序列。

因此，本领域亟需开发一种方便、快速，并适用于国内大多数实验室检测中国HIV-1主要流行株的通用技术，以期解决上述问题。

发明内容

本发明为了解决上述的技术问题，而提供一种用于从血浆中直接扩增艾滋病病毒基因组的核酸组合物及扩增测序方法。

本发明是按照以下技术方案实现的：

一种用于从血浆中直接扩增艾滋病病毒基因组的核酸组合物，包括以下引物序列：

gag-pol外套上游引物序列如SEQ ID NO.1所示；

gag-pol外套下游引物序列如SEQ ID NO.2所示；

gag-pol内套上游引物序列如SEQ ID NO.3所示；

gag-pol内套下游引物序列如SEQ ID NO.4所示；

pol-env外套上游引物序列如SEQ ID NO.5所示；

pol-env外套下游引物序列如SEQ ID NO.6所示；

pol-env内套上游引物序列如SEQ ID NO.7所示；

pol-env内套下游引物序列如SEQ ID NO.8所示；

env-nef外套上游引物序列如SEQ ID NO.9所示；

env-nef外套下游引物序列如SEQ ID NO.10所示；

env-nef内套上游引物序列如SEQ ID NO.11所示；

env-nef内套下游引物序列如SEQ ID NO.12所示。

一种从血浆中直接扩增测序艾滋病病毒基因组的方法，包括以下步骤：

a.样本处理：分离样本血浆，检测样本的病毒拷贝数，选取5000-120000拷贝/ml的样本；

b.RNA抽提：对血浆中的HIV-1 RNA进行抽提；

c.反转录：将抽提的HIV-1RNA反转录成cDNA；

d.PCR扩增：采用三段式扩增，使用权利要求1中的引物，从合成的cDNA中扩增HIV-1基因组；

e.测序。