[发明专利]基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法

说明书

本发明提供了一种基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法，其是先提取杀菌型乳制品的DNA，然后通过高通量测序技术结合生物信息学方法分析杀菌型乳制品中益生菌携带的耐药基因。本发明的基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法，可以对杀菌型乳制品中乳酸菌耐药菌基因进行了高效快速的筛选，具有良好的应用前景。

技术领域

本发明属于生物检测技术领域，具体地说，是关于一种基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法。

背景技术

抗生素的使用是现代医疗卫生的基础之一，可以有效抑制细菌的增长或者杀死细菌，被广泛应用于人类疾病治疗及农业、畜牧业、水产养殖等领域，但由于抗生素的不合理使用，现已产生严重的抗生素耐药性问题[GOTHWAL R,SHASHIDHAR T.Antibioticpollution in the environment:a review[J].Clean-Soil,Air,Water,2015,43(4):479-489.DOI:10.1002/clen.201300989.]。

乳酸菌作为发酵剂或益生菌菌种被广泛应用于食品、农业、制药等行业。长期以来，发酵产品中所使用的乳酸菌普遍被人们认为是安全菌株[MATHUR S,SINGHR.Antibiotic resistance in food lactic acid bacteria:a review[J].International Journal of Food Microbiology，2005,105:281-295.DOI:10.1016/j.ijfoodmicro.2005.03.008.]，其中德氏乳杆菌保加利亚亚种和嗜热链球菌是目前酸奶生产工艺中的主要发酵剂。

但近年来对环境中共生细菌及乳酸菌的耐药性研究越来越受到学者的关注。研究表明，乳酸菌对临床使用的多种抗菌药物表现出不同程度的耐药性，多数乳酸菌对氨基糖苷类、糖肽类、氟喹诺酮类以及磺胺类等抗生素具有天然耐受能力[张灼阳,刘畅,郭晓奎.乳酸菌耐药性的研究进展[J].中国微生态学杂志,2007,19(5):478-480.DOI:10.13381/j.cnki.cjm.2007.05.015.]。

目前尚无专门针对乳酸菌耐药性测定的标准与方法，所以大多研究者借鉴致病菌耐药性测定的标准与方法，并在此基础上做出适合于乳酸菌的调整与改良。乳酸菌耐药性检测方法有很多，包括用K-B纸片扩散法、打孔法、牛津杯法、肉汤稀释法、琼脂稀释法、E-test法。[宋晓敏.发酵食品中乳酸菌的耐药性现状分析[J].微生物学通报,2015,42(1):207-213.]

由于上述的方法主要针对样品中分离得到的活菌且一般只能对几个耐药基因进行筛选检测，而无法实现对于分离培养菌株的杀菌型产品中乳酸菌的耐药基因进行检测。

发明内容

本发明针对现有技术的不足，提供了一种基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法。该方法利用高通量测序技术，可以对杀菌型乳制品中乳酸菌耐药菌基因进行了高效快速的筛选。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法，其是先提取杀菌型乳制品的DNA，然后通过高通量测序技术结合生物信息学方法分析杀菌型乳制品中益生菌携带的耐药基因。

根据本发明，所述的基于高通量测序技术快速获得杀菌型乳制品中益生菌耐药基因的方法，包括如下步骤：

步骤一、提取杀菌型乳制品的DNA；

步骤二、采用高通量测序技术获得所述杀菌型乳制品的DNA的原始序列；

步骤三、采用高通量测序技术获得所述杀菌型乳制品的DNA的优化序列；