[发明专利]一种量化TIME浸润模式的评分方法

权利要求书

1.一种量化TIME浸润模式的评分方法，其特征在于：本发明包含以下步骤：（1）数据收集和处理：建模集的数据来源于GEO数据库的肝细胞癌芯片数据集；

（2）免疫细胞浸润评估：1)使用一组基因而不是单个基因代表一个免疫亚群，因为使用单个基因作为免疫亚群的标志物可能会产生误导，因为许多基因在不同的细胞类型中表达；2)评估一组基因相对于样本中所有其他基因的相对表达变化；

（3）肿瘤免疫原性指数的收集和分析；

（4）免疫治疗队列的收集；

（5）免疫治疗的生物标记物。

2.根据权利要求1所述的一种量化TIME浸润模式的评分方法，其特征在于：数据收集和处理按照下列标准进行筛选：1）只来自于Affymetrix平台，2）原发性肝癌患者，3）未治疗患者，4）患者数量≥50，5）含有超过12000个,蛋白编码基因，最终得到14个符合条件的芯片数据集GSE102079,GSE107170,GSE112790,GSE116174,GSE121248,GSE14323,NCI(NationalCancerInstitute)cohort(GSE14520),GSE25097,GSE45436,GSE62232,GSE63898,GSE64041,GSE76297,GSE84005andGSE9843。

3.根据权利要求1所述的一种量化TIME浸润模式的评分方法，其特征在于：免疫细胞浸润评估, 元基因是一种鲁棒性方法的原因主要包括两个方面：（1）用一个基因集代替单个基因去代表一个免疫亚群,由于许多基因被表达在不同的细胞类型，仅用一个基因作为一个免疫亚群的标志会产生误导,（2）在一个样本内，一个基因集表达量的相对变化评估与所有其他基因的表达相关,我们纳入了代表24种不同的免疫亚群的元基因：固有免疫细胞（树突状细胞，未成熟的树突状细胞，激活的树突状细胞，浆细胞样树突状细胞，嗜酸性粒细胞，肥大细胞，巨噬细胞，自然杀伤细胞，CD56dim自然杀伤细胞，CD56bright自然杀伤细胞和中性粒细胞）和适应性免疫细胞（B细胞，T细胞，Th细胞、Tgd (T gamma delta)细胞、Th1细胞、Th2细胞、Th17细胞、Treg细胞、CD8+T细胞、Tcm (T central memory) 细胞、效应记忆T细胞、滤泡辅助性T细胞和细胞毒性细胞）;此外，为确保ssGSEA结果的合理性和鲁棒性，我们应用另外两种不同的算法进行了验证,第一种是CIBERSORT，指一种反卷积算法，将一个参考基因集的表达值作为每种细胞类型的最小代表，进而基于这些表达值，通过支持向量回归法评估22种免疫细胞类型的比例,另外一种是MCP-counter，通过考虑在一个特定细胞类型内基因表达水平的变化，并保留其中变化最小的基因进而评估8种免疫细胞的含量。

4.根据权利要求1所述的一种量化TIME浸润模式的评分方法，其特征在于：肿瘤免疫原性指数的收集和分析,肿瘤突变负担以目标区域每兆碱基的编码、体细胞、碱基替换和indel突变的数量来衡量,根据用OptiType,从RNA-seq中获得的HLA类型，通过NetMHCpanv3.0识别SNV或Indel新抗原,非整倍体得分为扩增或删除的染色体臂之和,同源重组缺陷得分由三个独立的基于DNA的基因组不稳定性测量方法确定：大的(15 Mb)非臂级区域的杂合性缺失、端粒等位基因不平衡和相邻片段之间断裂10 Mb的大规模状态转换,利用工具MANTIS(1.0.3版)，进行微卫星不稳定性(Microsatellite instability)检测,使用MiTCR v1.0.3与前人描述的参数确定TCR多样性评分,免疫球蛋白重链(lgH)多样性评分由RSEM 1.2.21版根据通过VDJer工具重建的lgH进行量化,对于两种病毒(HBV和HCV)，每百万标准读取分值定义为106倍的样本总读数的命中数,癌症/睾丸抗原也参与其中,抗原处理和呈递机制评分(APS)由GSVA根据18个APM相关基因生成。