[发明专利]一种量化TIME浸润模式的评分方法

说明书

本发明公开了一种量化TIME浸润模式的评分方法，量化TIME浸润模式的评分，称为TIME指数（TI），TI在肝细胞癌和泛癌中都是一种优越的预后预测指标，且在预测免疫治疗反应方面的表现优于其他11种生物标志物。这些结果可以加强对免疫微环境的理解，指导更有效的个性化治疗，TIME‑1以免疫细胞耗竭和细胞增殖为特征，对应免疫缺陷型；TIME‑2以处于免疫抑制状态为特征，对应免疫抑制我们强调了各表型潜在的免疫逃逸机制：TIME‑1以肿瘤浸润白细胞缺乏和肿瘤抗原呈递能力缺陷为特征；TIME‑2具有更多的免疫抑制细胞；TIME‑3富含免疫抑制性细胞因子和免疫检查点分子。

技术领域

本发明涉及一种量化TIME浸润模式的评分方法。

背景技术

肝细胞癌（肝细胞癌）是原发性肝癌的主要组织学类型，具有较高的发病率和死亡率,虽然肝细胞癌有多种治疗方式，包括手术切除、化疗、射频消融、肝移植等，但复发率和预后仍不理想。近来，免疫治疗作为一种新的治疗方法在肝细胞癌中取得了很大的进展，但到目前为止，只有一部分患者受益,对肿瘤免疫微环境(TIME)的认识不足可能是导致结果令人失望的主要原因,在个体水平上，肝细胞癌具有显著的TIME异质性，全面了解此异质性对临床诊断、个体化治疗和预后预测至关重要。

肝细胞癌是一种典型的炎症驱动型肿瘤，主要起源于病毒感染和肝纤维化,从慢性肝炎到肝细胞癌的转变过程中，随着肝脏局部免疫细胞的浸润，其局部肿瘤免疫微环境发生变化,免疫细胞是TIME的主要组成部分，其数量和状态对肿瘤的发展、侵袭和转移的进程起着重要作用。过去的研究主要集中在一种或几种免疫细胞类型上,但由于不同细胞之间密集的细胞相互作用，过去的研究方法可能会造成对TIME的认识出现偏差，故应将TIME视为一个整体。虽然已经有两项研究基于广谱免疫细胞分析了肝癌的异质性，但样本量太少，无法取得一致的结果。

发明内容

本发明的目的在于提供一种量化TIME浸润模式的评分方法，以解决上述背景技术中提出的样本量太少，无法取得一致的结果等问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：1.一种量化TIME浸润模式的评分方法，其特征在于：本发明包含以下步骤：（1）数据收集和处理：建模集的数据来源于GEO数据库的肝细胞癌芯片数据集；

（2）免疫细胞浸润评估：1)使用一组基因而不是单个基因代表一个免疫亚群，因为使用单个基因作为免疫亚群的标志物可能会产生误导，因为许多基因在不同的细胞类型中表达；2)评估一组基因相对于样本中所有其他基因的相对表达变化；

（3）肿瘤免疫原性指数的收集和分析；

（4）免疫治疗队列的收集；

5）免疫治疗的生物标记物。

优选的，数据收集和处理按照下列标准进行筛选：1）只来自于Affymetrix平台，2）原发性肝癌患者，3）未治疗患者，4）患者数量≥50，5）含有超过12000个,蛋白编码基因，最终得到14个符合条件的芯片数据集GSE102079,GSE107170,GSE112790,GSE116174,GSE121248,GSE14323,NCI(NationalCancerInstitute)cohort(GSE14520),GSE25097,GSE45436,GSE62232,GSE63898,GSE64041,GSE76297,GSE84005andGSE9843。