[发明专利]RNA文库的构建方法有效

专利信息
申请号: 202011120991.9 申请日: 2020-10-19
公开(公告)号: CN112176422B 公开(公告)日: 2022-10-04
发明(设计)人: 李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 申请(专利权)人: 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
主分类号: C40B50/06 分类号: C40B50/06;C40B40/06;C40B40/08
代理公司: 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 代理人: 路秀丽
地址: 301700 天津市*** 国省代码: 天津;12
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摘要:
搜索关键词: rna 文库 构建 方法
【权利要求书】:

1.一种RNA文库的构建方法,其特征在于,所述构建方法包括:

采用逆转录引物对片段化的RNA进行逆转录,得到第一链cDNA,其中,所述逆转录引物从5’端至3’端依次包括:已知序列和随机序列;

采用环化酶将所述第一链cDNA进行单链接头连接,得到连接产物;

对所述连接产物进行PCR扩增,得到所述RNA文库;

所述环化酶为环化酶II或 T4 RNA 连接酶1,所述单链接头的5’端带有腺苷化修饰,3’端带有ddC修饰,所述单链接头的序列为SEQ ID NO:2。

2.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,所述逆转录引物在所述已知序列的上游,还包有含间隔臂。

3.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述随机序列为4~8碱基的随机序列。

4.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述随机序列为6碱基的随机序列。

5.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述间隔臂为Spacer C12、SpacerC6、Spacer C3、NH2和ddC中的任意一种。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的构建方法,其特征在于,所述逆转录引物的序列为SEQ ID NO:1。

7.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,采用上游扩增引物和下游扩增引物对所述连接产物进行PCR扩增,得到所述RNA文库,所述上游扩增引物从5’端至3’端依次包括:上游测序平台序列、第一文库标签序列以及上游测序引物序列,所述下游扩增引物从5’端至3’端依次包括:下游测序平台序列、第二文库标签序列以及下游测序引物序列,其中,所述下游测序引物序列与所述逆转录引物的5’端的至少部分序列相同,所述上游测序引物序列与所述单链接头的5’端的至少部分序列相同。

8.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,

所述第一文库标签序列和所述第二文库标签序列的长度分别为4~10bp。

9.根据权利要求8所述的构建方法,其特征在于,所述上游扩增引物的序列为SEQ IDNO:3,

所述下游扩增引物的序列为SEQ ID NO:4。

10.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,所述RNA为总RNA、mRNA、lncRNA或去除核糖体的RNA。

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