[发明专利]RNA文库的构建方法有效
申请号: | 202011120991.9 | 申请日: | 2020-10-19 |
公开(公告)号: | CN112176422B | 公开(公告)日: | 2022-10-04 |
发明(设计)人: | 李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 | 申请(专利权)人: | 天津诺禾致源生物信息科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C40B40/06;C40B40/08 |
代理公司: | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人: | 路秀丽 |
地址: | 301700 天津市*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | rna 文库 构建 方法 | ||
1.一种RNA文库的构建方法,其特征在于,所述构建方法包括:
采用逆转录引物对片段化的RNA进行逆转录,得到第一链cDNA,其中,所述逆转录引物从5’端至3’端依次包括:已知序列和随机序列;
采用环化酶将所述第一链cDNA进行单链接头连接,得到连接产物;
对所述连接产物进行PCR扩增,得到所述RNA文库;
所述环化酶为环化酶II或 T4 RNA 连接酶1,所述单链接头的5’端带有腺苷化修饰,3’端带有ddC修饰,所述单链接头的序列为SEQ ID NO:2。
2.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,所述逆转录引物在所述已知序列的上游,还包有含间隔臂。
3.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述随机序列为4~8碱基的随机序列。
4.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述随机序列为6碱基的随机序列。
5.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述间隔臂为Spacer C12、SpacerC6、Spacer C3、NH2和ddC中的任意一种。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的构建方法,其特征在于,所述逆转录引物的序列为SEQ ID NO:1。
7.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,采用上游扩增引物和下游扩增引物对所述连接产物进行PCR扩增,得到所述RNA文库,所述上游扩增引物从5’端至3’端依次包括:上游测序平台序列、第一文库标签序列以及上游测序引物序列,所述下游扩增引物从5’端至3’端依次包括:下游测序平台序列、第二文库标签序列以及下游测序引物序列,其中,所述下游测序引物序列与所述逆转录引物的5’端的至少部分序列相同,所述上游测序引物序列与所述单链接头的5’端的至少部分序列相同。
8.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,
所述第一文库标签序列和所述第二文库标签序列的长度分别为4~10bp。
9.根据权利要求8所述的构建方法,其特征在于,所述上游扩增引物的序列为SEQ IDNO:3,
所述下游扩增引物的序列为SEQ ID NO:4。
10.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,所述RNA为总RNA、mRNA、lncRNA或去除核糖体的RNA。
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