[发明专利]一种鉴定番茄杂交种纯度的SNP位点、引物组及应用

说明书

本发明公开了一种鉴定番茄杂交种纯度的方法及其使用的SNP引物组合。本发明所提供的SNP引物组合由8个引物组组成；每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点；各个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：24所示。该SNP引物组合可在番茄杂交种的种子或幼苗期进行早期鉴定，保证杂交种的纯度，切实保护生产者和育种家的权益，并为番茄品种的种子质量管理提供技术支持。本发明提供的方法具有高效、准确、低成本等优点，具有十分广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定番茄杂交种纯度的SNP位点、引物组、试剂盒、检测方法及应用。

背景技术

番茄(Solanum lycopersicum)属于茄科茄属一年或多年生草本植物，原产地为中美洲和南美洲。因口感独特、富含人体所需的微量元素，且营养价值较高，深受消费者的喜爱。番茄从栽培到现在仅数百年，却已广泛分布于世界各地，是世界第二大蔬菜作物。我国番茄年产量超过5000万吨，相当大的一部分为杂交种种植收获。番茄杂交种在制种过程中需要进行去雄处理，但在实际生产中常因授粉工人的操作不当，或其它不确定因素导致种子纯度下降，严重影响番茄种子质量和后续生产。依据农作物种子质量标准(GB16715.3--2010)的规定，番茄杂交种的纯度不低于96％。工厂化育苗更是要求99％以上的纯度。因此，番茄种子上市前需进行纯度鉴定，这是种子生产质量控制的要求，也是交易的重要依据。

传统种子纯度鉴定主要通过种子形态鉴定、田间表型鉴定等，周期长且费工费时，同时受主观和环境因素影响较大，准确性难以保证。

近年来，随着分子生物学的发展，分子标记方法已广泛应用于一些作物的杂交种纯度鉴定工作。由于分子标记技术直接从DNA水平揭示双亲的差异性，因此实验结果准确可靠，而且可以在苗期甚至种子水平进行鉴定，因此大大缩短了实验周期。番茄生产中以SSR标记和InDel标记应用最为普遍，但在种子纯度鉴定工作中的应用不多，如张录霞等使用InDel标记对新疆主栽加工番茄品种TH8号和TH17号的杂交种的纯度鉴定(张录霞等，2016)；王凯筛选到了可以对番茄组合T8进行纯度检测的一对SSR引物SSR87(王凯，2015)。在国内现有技术中，申请号为CN200710020044.0，于2009年6月3日公告的专利中，其公开了1对RAPD标记和1对SSR标记，其均可以鉴定番茄杂交种苏粉8号的纯度。申请号为CN201810013749.8，于2018年4月13日公开的专利找了一对EST-SSR标记，可以对番茄砧木品种爱好杂交种的纯度进行鉴定，其F1代可扩增出126/132bp差异条带。申请号为CN201811285955.0，于2019年1月15日公开的专利，其找到一对Indel标记，可以鉴定番茄杂交种56115的纯度。以上公开的技术均从DNA水平鉴定杂交种的杂合差异位点，结果可靠，应用价值较高。但目前来看，仍没有利用分子标记对较多品种进行纯度鉴定的研究，也未能找到可以鉴定较多品种的引物组合。同时，目前使用的SSR引物扩增结果存在假阳性、假阴性问题，检测结果不够稳定；而InDel标记虽然稳定性强但存在位点相对较少，检测精确度不高的问题。考虑到番茄品种众多、变异丰富，筛选准确、高效、低成本的适用于番茄种子纯度检测要求且适用于大量品种的分子标记组合，是番茄育种行业亟待开展的工作。

第三代分子标记SNP，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着高通量测序技术的发展和测序成本的不断降低，大规模番茄重测序成为可能。基于分析番茄变异组信息，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。SNP分型无需对照品种，可以高通量、快速、准确的检测差异位点，不受环境、栽培技术和人为观测的影响，且成本较低、重复性好，是种子纯度鉴定工作的最适选择。但是目前还未有利用SNP标记鉴定番茄杂交种纯度的报导。鉴于此，科研和实践中均急需开发一套适合鉴定番茄杂交种纯度的SNP位点、引物组、以及检测方法，应用于鉴定番茄杂交种的纯度。

参考文献：

王凯.日光温室小果型番茄品种比较试验及其杂交种纯度检测[D]:[硕士学位论文].河北科技师范学院,2015.