[发明专利]一种鉴定西瓜种质真实性的SNP位点引物组合及应用有效
申请号: | 202011134940.1 | 申请日: | 2020-10-21 |
公开(公告)号: | CN112080497B | 公开(公告)日: | 2021-04-27 |
发明(设计)人: | 温常龙;许勇;杨静静;张建;张晓飞;赵泓;王超;罗江 | 申请(专利权)人: | 北京市农林科学院 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12Q1/6858 |
代理公司: | 北京五洲洋和知识产权代理事务所(普通合伙) 11387 | 代理人: | 刘春成;荣红颖 |
地址: | 100097 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 鉴定 西瓜 种质 真实性 snp 引物 组合 应用 | ||
1.鉴定西瓜种质资源真实性的核心SNP组合,所述SNP组合由如下第一SNP位点到第三十二SNP位点组成:
第一SNP位点,所述第一SNP位点位于西瓜参考基因组第1染色体第4526336位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第二SNP位点,所述第二SNP位点位于西瓜参考基因组第1染色体第23878795位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为G或A;
第三SNP位点,所述第三SNP位点位于西瓜参考基因组第1染色体第28158005位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为G或C;
第四SNP位点,所述四第SNP位点位于西瓜参考基因组第2染色体第16364441位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或G;
第五SNP位点,所述第五SNP位点位于西瓜参考基因组第3染色体第86105位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第六SNP位点,所述第六SNP位点位于西瓜参考基因组第3染色体第9256863位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第七SNP位点,所述第七SNP位点位于西瓜参考基因组第3染色体第23275656位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第八SNP位点,所述第八SNP位点位于西瓜参考基因组第4染色体第17907037位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为G或A;
第九SNP位点,所述第九SNP位点位于西瓜参考基因组第4染色体第21912721位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第十SNP位点,所述第十SNP位点位于西瓜参考基因组第5染色体第13129098位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第十一SNP位点,所述第十一SNP位点位于西瓜参考基因组第5染色体第13782320位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第十二SNP位点,所述第十二SNP位点位于西瓜参考基因组第5染色体第31499847位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第十三SNP位点,所述第十三SNP位点位于西瓜参考基因组第5染色体第34817034位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第十四SNP位点,所述第十四SNP位点位于西瓜参考基因组第6染色体第23082328位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第十五SNP位点,所述第十五SNP位点位于西瓜参考基因组第6染色体第25600073位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第十六SNP位点,所述第十六SNP位点位于西瓜参考基因组第6染色体第29181381位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第十七SNP位点,所述第十七SNP位点位于西瓜参考基因组第7染色体第18367106位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或G;
第十八SNP位点,所述第十八SNP位点位于西瓜参考基因组第7染色体第26651873位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第十九SNP位点,所述第十九SNP位点位于西瓜参考基因组第7染色体第29557232位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第二十SNP位点,所述第二十SNP位点位于西瓜参考基因组第8染色体第5677147位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为G或A;
第二十一SNP位点,所述第二十一SNP位点位于西瓜参考基因组第8染色体第9651210位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第二十二SNP位点,所述第二十二SNP位点位于西瓜参考基因组第8染色体第13297080位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第二十三SNP位点,所述第二十三SNP位点位于西瓜参考基因组第9染色体第7240244位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第二十四SNP位点,所述第二十四SNP位点位于西瓜参考基因组第9染色体第21279593位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
第二十五SNP位点,所述第二十五SNP位点位于西瓜参考基因组第9染色体第21714653位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为G或A;
第二十六SNP位点,所述第二十六SNP位点位于西瓜参考基因组第9染色体第31408858位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或G;
第二十七SNP位点,所述第二十七SNP位点位于西瓜参考基因组第10染色体第15398308位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第二十八SNP位点,所述第二十八SNP位点位于西瓜参考基因组第10染色体第31904564位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或G;
第二十九SNP位点,所述第二十九SNP位点位于西瓜参考基因组第10染色体第32423039位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为A或T;
第三十SNP位点,所述第三十SNP位点位于西瓜参考基因组第11染色体第1426039位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第三十一SNP位点,所述第三十一SNP位点位于西瓜参考基因组第11染色体第7206213位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为C或T;
第三十二SNP位点,所述第三十二SNP位点位于西瓜参考基因组第11染色体第24910574位,或其种质资源间同源基因组片段上的相应位点,该位点的核苷酸碱基为T或C;
其中,所述西瓜参考基因组为97103 V2西瓜参考基因组。
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