[发明专利]一种降低单细胞扩增偏倚性的离体组织细胞核分离方法在审
申请号: | 202011137169.3 | 申请日: | 2020-10-22 |
公开(公告)号: | CN112280828A | 公开(公告)日: | 2021-01-29 |
发明(设计)人: | 王慧;何牮;孟梅;刘宁宁 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学医学院 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12Q1/6869 |
代理公司: | 上海旭诚知识产权代理有限公司 31220 | 代理人: | 郑立 |
地址: | 200025 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 降低 单细胞 扩增 偏倚 组织 细胞核 分离 方法 | ||
1.一种提取细胞核的方法,其特征在于,所述方法的步骤包括:
1)在二号缓冲液(LB)中进行样品机械裂解处理,经过冰置处理和吹打处理后获得裂解产物;
2)将所述裂解产物进行第一过滤处理及第一离心处理,获得第一离心细胞核沉淀;
3)将所述第一离心细胞核沉淀并在第一缓冲液(WB)中进行及冲洗第一重悬处理和第二过滤处理,然后进行第二次离心处理,获得第二离心细胞核沉淀;
4)将所述第二离心细胞核沉淀在三号(NB)缓冲液中进行第二重悬混匀处理后进行第三过滤处理,获得的细胞核悬液,所述细胞核悬液在单细胞全基因组测序和扩增均一性检测前,进一步将细胞核进行重悬处理,经过重悬处理后,所述细胞核的浓度为1000核/μL;
其中,所述样品为离体样本;
所述一号缓冲液(WB)包括:10-20mM Tris-HCl(pH 7.5-7.8),10-20mM NaCl,50-100mMKCl,2-10mM MgCl2,5-15mM CaCl2,0.04%BSA,1mg/mL PI以及0.2U/μL RNase抑制剂;
所述样品与所述一号缓冲液(WB)的质量体积比为5mg:0.5mL;
所述二号缓冲液(LB)为一号缓冲液(WB)含0.2%NP-40(质量体积比);
所述三号缓冲液(NB)为含1%FBS,1mM DTT的D-Hanks缓冲液;
使用前,所述一号缓冲液(WB),所述二号缓冲液(LB)以及所述三号缓冲液(NB)预先经过4℃预冷处理;
步骤1)中破碎处理后的所述样品体积≤0.2mm3;
步骤1)中所述冰置处理时间为8-10min并利用移液枪混匀,步骤1)中所述吹打处理为10-15次;
步骤2)中所述第一离心处理是在4℃、500g的条件下进行5min;
步骤3)中第二过滤处理是通过直径为40μm的细胞过滤器进行;
步骤4)中第二过滤处理是通过直径为40μm的细胞过滤器进行。
2.如权利要求1所述的一种提取细胞核的方法,其特征在于,步骤1)中使用研磨杵进行所述机械裂解处理。
3.如权利要求1所述的一种提取细胞核的方法,其特征在于,步骤2)中所述第一过滤处理是通过直径为70μm的细胞过滤器进行。
4.如权利要求1所述的一种提取细胞核的方法,其特征在于,步骤2)中所述第一离心处理是在4℃、500g的条件下进行5min。
5.如权利要求1所述的一种提取细胞核的方法,其特征在于,步骤3)中所述第一重悬处理中一号缓冲液(WB)的用量为0.5mL。
6.如权利要求1所述的一种提取细胞核的方法,其特征在于,步骤4)中所述第二离心细胞核沉淀在0.2mL的所述三号缓冲液(NB)进行所述第二重悬混匀处理。
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