[发明专利]一种毛细管96孔板的血浆游离DNA建库方法

说明书

本发明提供一种毛细管96孔板的血浆游离DNA建库方法，包括以下步骤：将反应物加入样品池内，将盖板盖于孔板上，使电极置于反应池内，对反应池上的电极依次通电，利用毛细管电泳原理使样品依次通过样品池、末端修复与加A反应池、接头连接反应池、恒温扩增反应池、扩增产物回收池，从而获得cfDNA文库。本发明还提供了一种用于血浆游离DNA建库的毛细管96孔板。本发明血浆游离DNA建库方法利用毛细管96孔板，设备简单，仅需毛细管96孔板以及每行或者每列能够单独温控的PCR仪或者金属浴即可满足实验需求；本发明方法实验通量高，单次能够完成8或者12个样品的cfDNA建库过程。

技术领域

本发明涉及基因高通量测序技术领域，具体地，涉及一种毛细管96孔板的血浆游离 DNA建库方法。

背景技术

测序法已经成为一种常规的实验技术，不过最近新一代测序技术的显著优势，比如大规模平行信号(MPSS，Brenner et al.2000)和焦磷酸测序法(也称454测序，Margulieset al.2005，Langaee and ronaghi2005)已经使测序技术发生了彻底的变革，它们可以同时对数百万个短序列读长进行测序。尽管面临着来自生物信息学方面的挑战，但是这些技术为探索更多生态学与进化问题提供了更多的机会，其中包括对生物多样性的分析(Venter etal.2004)。此外，二代测序技术是最不可能由于操作不当、缺失、稀有转录及克隆细菌不稳定的原因而产生错误的。技术进步使得这一方法变得不断可靠 (Hamady etal.2008)，绝大多数的转录表达(包括那些表达量极少的转录本)都能够被精准地定量(StoloⅦitzky etal.2005)。随着序列读长的增加，454焦磷酸测序法的使用频率将大增，能进一步增加在非模式物种中鉴定基因的概率(Hudson2008)。由于测序的读长较短，这项技术最初只能用于已测序的模式物种。

根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，测序方法主要有以下几种：大规模平行签名测序(Massively Parallel Signature Sequencing，MPSS)、聚合酶克隆(Polony Sequencing)、454焦磷酸测序(454pyrosequencing)、Illumina(Solexa)sequencing、ABI SOLiD sequencing、离子半导体测序(Ion semiconductor sequencing)、DNA纳米球测序(DNA nanoball sequencing)等。

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变，一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generationsequencing)足见其划时代的改变，同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能，所以又被称为深度测序(deep sequencing)。

高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。该技术使得核酸测序的单碱基成本与第一代测序技术相比急剧下降，以人类基因组测序为例，上世纪末进行的人类基因组计划花费30亿美元解码了人类生命密码，而第二代测序使得人类基因组测序已进入万(美)元基因组时代。如此低廉的单碱基测序成本使得我们可以实施更多物种的基因组计划从而解密更多生物物种的基因组遗传密码。同时在已完成基因组序列测定的物种中，对该物种的其他品种进行大规模地全基因组重测序也成为了可能。

在测序自动化多年后的今天，测序之前的样品制备的核心环节——自动化文库制备平台应运而生。例如，Hamilton公司生物样品自动处理工作站、TECAN帝肯全自动化液体处理工作站、华大肿瘤自动化建库系统MGISP-100等。虽然市场上各大高通量建库设备缤纷呈现，但是，基本上都是基于移液器的移液工作站，必然不可避免移液过程中产生的气溶胶，导致批量建库过程中的交叉污染，并且，上述各种工作站体积及其庞大，笨重、使用不方便。虽然国产化独立化建库平台也有出现，例如杰毅公司的建库平台，但是其通量太低。

随着高通量测序技术的成熟发展，对文库构建技术提出更加苛刻的要求：通量更高、质量更好。