[发明专利]一种经修饰荧光探针及其应用

权利要求书

1.一种寡核苷酸分子，包含：能形成发夹结构的自互补区、靶核酸识别区和靶核酸识别类似区，和任选的位于靶核酸识别区和靶核酸识别类似区之间的接头区，所述靶核酸识别区包含与靶核酸中序列互补的核苷酸序列，所述靶核酸识别类似区包含与所述靶核酸中序列或其片段的经修饰的变体互补的核苷酸序列，其中，所述自互补区包括5’末端互补区、3’末端互补区，所述修饰包括碱基的置换或颠换。

2.如权利要求1所述的寡核苷酸分子，其特征在于，所述寡核苷酸分子从5’至3’依次包含：5’末端互补区、靶核酸识别区、接头区、靶核酸识别类似区、与5’末端互补区互补的3’末端互补区。

3.如权利要求1或2所述的寡核苷酸分子，其特征在于，

所述自互补区包含至少1个核苷酸，和/或

所述接头区包含至少1个核苷酸，和/或

所述靶核酸识别区具有至少3个核苷酸，和/或

所述靶核酸中序列的片段的序列中至少10%是C，和/或

所述靶核酸中序列的片段起始于所述靶核酸中序列的5’端的至少第1个核苷酸，和/或

所述靶核酸中序列的片段的长度是靶核酸中序列的长度的至少10%。

4.如权利要求1所述的寡核苷酸分子，其特征在于，所述修饰是碱基的置换。

5.如权利要求4所述的寡核苷酸分子，其特征在于，所述碱基的置换是C置换为T或U。

6.一种寡核苷酸探针，包含权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸分子和与所述寡核苷酸分子结合的标记物，所述标记物：（a）当探针为非杂交形式时提供可检测信号、但当探针与互补核酸杂交时可检测信号减弱或基本不提供可检测信号，或（b）当探针与互补核酸杂交时提供可检测信号、但当探针为非杂交形式时可检测信号减弱或基本不提供可检测信号。

7.如权利要求6所述的寡核苷酸探针，其特征在于，所述可检测信号是荧光信号，所述标记物包括位于所述寡核苷酸分子两端的荧光报告基团和激发基团，或所述标记物包括位于所述寡核苷酸分子两端的荧光报告基团和淬灭基团。

8.包含权利要求1-5中任一项所述的寡核苷酸分子或权利要求6或7所述的寡核苷酸探针的试剂盒，所述试剂盒还任选包含检测靶核酸或检测核酸扩增的其他试剂。

9.一种检测靶核酸的方法，包括：

（1）将权利要求6或7所述的寡核苷酸探针与靶核酸接触，

（2）测定接触后混合物的可检测信号，和

（3）基于所述可检测信号检测靶核酸的存在和/或水平。

10.一种检测核酸扩增的方法，包括：

（1）使用核酸聚合酶，能够与靶核酸杂交的引物和能够与所述靶核酸杂交的权利要求6或7所述的寡核苷酸探针对靶核酸进行核酸扩增，所述寡核苷酸探针的靶核酸识别区与靶核酸中序列互补，所述靶核酸识别类似区与靶核酸中序列或其片段的经修饰的变体互补，所述修饰包括碱基的置换或颠换；

任选的（2）当所述探针与所述靶核酸杂交时，所述核酸聚合酶在扩增过程中消化所述寡核苷酸探针以改变所述标记物提供的可检测信号；和

（3）监测所述可检测信号，可检测信号的产生、消失、增强和/或减弱对应于核酸扩增的发生和/或水平。

11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，

项目（2）是：当所述探针与所述靶核酸杂交时，所述核酸聚合酶在扩增过程中消化所述寡核苷酸探针以将所述标记物的报告基团与猝灭基团分离；项目（3）是：监测所述报告基团的荧光，荧光的产生和/或增强对应于核酸扩增的发生和/或水平；或

项目（2）是：当所述探针与所述靶核酸杂交时，所述核酸聚合酶在扩增过程中消化所述寡核苷酸探针以将所述标记物的报告基团与激发基团分离；项目（3）是：监测所述报告基团的荧光，荧光的减弱和/或消失对应于核酸扩增的发生和/或水平。