[发明专利]一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法有效

专利信息
申请号: 202011218436.X 申请日: 2020-11-04
公开(公告)号: CN112326770B 公开(公告)日: 2021-10-26
发明(设计)人: 孙士生;申洁晨;贾丽;朱伯婧 申请(专利权)人: 西北大学
主分类号: G01N27/62 分类号: G01N27/62
代理公司: 西安智邦专利商标代理有限公司 61211 代理人: 胡乐
地址: 710069 *** 国省代码: 陕西;61
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摘要:
搜索关键词: 一种 鉴定 完整 糖肽 连接 类型 方法
【权利要求书】:

1.一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法,其特征在于,包括如下步骤:

(1)获取串联质谱数据;

(2)对串联质谱数据进行预处理,得到不同能量碎裂条件下的二级质谱谱图,其中高能量碎裂条件下的二级质谱谱图包含多肽碎片信息,低能量碎裂条件下的二级质谱谱图包含糖链碎片信息,确定二级质谱谱图中所有谱峰的分子质量;

(3)根据已知的多肽碎片信息数据库,确定高能量碎裂条件下的二级质谱谱图中的多肽分子质量和多肽的准确序列;

(4)基于多肽分子质量,在低能量碎裂条件下的二级质谱谱图中搜索相应的多肽+糖链的分子质量;

假设多肽+五糖核心结构即peptide+HexNAc*2+Hex*3的分子质量为m;根据分子质量确定多肽+五糖核心结构是否存在特定修饰,假如存在特定修饰,则将m重新定义为peptide+HexNAc*2+Hex*3+特定修饰;所述特定修饰为含核心岩藻糖和/或平分型糖修饰;

(5)通过判断低能量碎裂条件下的二级质谱谱图中是否存在m+Hex、m+Hex*2、m+HexNAc、m+HexNAc+Hex谱峰来判断糖链类型;

如果只存在m+Hex或m+Hex*2谱峰,即为高甘露糖型;

如果只存在m+HexNAc或m+HexNAc+Hex谱峰,即为复杂型;

如果既存在m+Hex或m+Hex*2又存在m+HexNAc或m+HexNAc+Hex谱峰,即为杂合型。

2.根据权利要求1所述的一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法,其特征在于,步骤(3)具体是,通过数据库匹配的方式或者从头测序(de novo)的方式鉴定二级质谱谱图中的多肽分子质量,进而得到多肽的准确序列。

3.根据权利要求1所述的一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法,其特征在于,步骤(5)具体包括下列子步骤:

(5a)计算m+HexNAc、m+HexNAc+Hex的质量,并与二级质谱谱图匹配,如果两个质量与谱图都不匹配,则待测糖链为高甘露糖型糖链,否则,执行步骤(5b);

(5b)计算m+Hex、m+Hex*2的质量,并与二级质谱谱图匹配,如果两个质量与谱图都不匹配,则待测糖链为复杂型糖链,否则,待测糖链为杂合型糖链。

4.根据权利要求3所述的一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法,其特征在于,步骤(4)中确定分子质量m的过程中,对谱图中糖链核心结构的类型作了相应区分,具体包括:

将peptide+HexNAc*2+Hex*3设为第一类核心结构(m);

若谱图中糖链核心结构包含核心岩藻糖修饰,则将peptide+HexNAc*2+Hex*3+Fucose设为第二类核心结构(m);

若谱图中糖链核心结构包含平分型糖修饰,则将peptide+HexNAc*2+Hex*3+HexNAc设为第三类核心结构(m);

若谱图中糖链核心结构既包含核心岩藻糖修饰又包含平分型糖修饰,则将peptide+HexNAc*2+Hex*3+Fucose+HexNAc设为第四类核心结构(m)。

5.根据权利要求4所述的一种鉴定完整糖肽上N-连接糖链类型的方法,其特征在于,当糖链中含平分型糖链时,步骤(5a)中匹配的质量由m+HexNAc,m+HexNAc+Hex替换为m+HexNAc*2,m+HexNAc*2+Hex。

6.一种智能终端,包括处理器和存储器,所述存储器存储有程序,其特征在于:所述程序被处理器加载运行时实现权利要求1所列的各个步骤。

7.一种计算机可读存储介质,存储有计算机程序,其特征在于:所述计算机程序被处理器加载运行时实现权利要求1中所列的各个步骤。

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