[发明专利]基于网络药理学分析茯苓聚糖抗腺性膀胱炎作用机制方法在审
申请号: | 202011237883.X | 申请日: | 2020-11-10 |
公开(公告)号: | CN112201365A | 公开(公告)日: | 2021-01-08 |
发明(设计)人: | 吴咖;颜新;卢文胜 | 申请(专利权)人: | 南宁市第二人民医院 |
主分类号: | G16H70/40 | 分类号: | G16H70/40;G16B5/00 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 530031 广西壮*** | 国省代码: | 广西;45 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 基于 网络 药理学 分析 茯苓 聚糖 抗腺性 膀胱炎 作用 机制 方法 | ||
1.一种基于网络药理学分析茯苓聚糖抗腺性膀胱炎作用机制的方法。其特征在于,包括以下步骤:
S1、活性成分作用靶点筛选
根据研究目标,设定筛选标准。运用在线数据库(TCMSP、Swiss Target Prediction、BATMAN和HITPICK)筛选茯苓聚糖作用靶点。
S2、疾病候选靶点识别
在疾病靶标数据库(DisGeNET、Genecard和Malacard)中,以“Cystitis glandularis”作为关键词检索查找腺性膀胱炎候选靶点。然后与S1所得的成分作用靶点进行交集映射,获得成分-疾病交集靶基因,即茯苓聚糖抗腺性膀胱炎的作用靶点。
S3、构建成分靶点-疾病靶点网络及筛选核心靶点
采用STRING数据库分析S2的交集靶点,得到靶点蛋白互作网络关系图(PPI网络)及tsv.数据。运用Cytoscape3.7.1软件分析网络节点的拓扑结构特征参数,确定核心靶点筛选条件并进行后续筛选分析。
S4、对核心靶点富集分析以探讨药物成分作用机制
利用R语言相关包对核心靶点进行GO生物过程和KEGG通路注释富集分析,输出相应图表,对照解析茯苓聚糖抗腺性膀胱炎的作用机制。
S5、“成分-靶点-通路-疾病”网络构建与可视化
运用Cytoscape根据S4结果构建“药物-靶点-通路-疾病”可视化图形;具体应用R语言中“pathview”包将KEGG富集通路的相关靶点映射到通路图,便于进行后续分析。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,S1中所述的BATMAN数据库筛选阈值为scorecutoff20、P0.05。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,S3中核心靶点筛选范围上限为拓扑数据中的最大Degree值,下限为Degree中位数。
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